| 菜薹转录组中SSR信息与可用性分析 |
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| 引用本文： | 李荣华,王直亮,陈静芳,夏岩石,郭培国,张华,Kadambot Siddique. 菜薹转录组中SSR信息与可用性分析[J]. 园艺学报, 2016, 43(9): 1816-1824. DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0298 |
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| 作者姓名： | 李荣华 王直亮 陈静芳 夏岩石 郭培国 张华 Kadambot Siddique |
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| 作者单位： | （1广州大学生命科学学院，作物抗逆国际合作研究中心，广州 510006；2广州市农业科学院，广州 510308；3西澳大利亚大学农业研究所，WA 6009，澳大利亚） |
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| 基金项目： | 广州市属高校科技计划项目(1201420621)，广州市科技计划项目(2014J4100123)，广东省自然科学基金项目(2015A030310136;2015A030313500)，广东高校省级重点平台和重大科研项目(2015KGJHZ015)，广东省科技计划项目(2016B020201001) |
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| 摘 要： | 利用菜薹转录组分析检测到48 975条unigene（38.17 Mb）序列数据，运用MIcroSAtellite（MISA）工具发现其中具有1 ~ 6个核苷酸重复类型的SSR位点11 879个，SSR位点发生频率为1/3.2 kb（312.5/Mb）。6种SSR位点类型中主要为1 ~ 3个核苷酸重复，占总SSR位点数的99.01%，其中单、二和三核苷酸类型分别为41.11%、28.23%和29.67%。发现重复序列的基序58个，重复次数在5 ~ 23之间，其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AGG/CCT。重复序列长度在10 ~ 60 bp之间，大多小于20 bp，大于20 bp的仅有7.9%（938个SSR位点）。设计出676对具有潜在多态性的SSR引物组合，从中随机抽取30对引物进行PCR扩增验证其可用性，发现22对引物在4份菜薹种质中的扩增产物条带清晰稳定，其中12对引物具有多态性。
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| 关 键 词： | 菜薹 转录组 SSR 可用性分析 |
Analysis of SSR Information in Transcriptome and Their Usability in Flowering Chinese Cabbage |
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| LI Rong-hua,WANG Zhi-liang,CHEN Jing-fang,XIA Yan-shi,GUO Pei-guo,,ZHANG Hua,Kadambot Siddique. Analysis of SSR Information in Transcriptome and Their Usability in Flowering Chinese Cabbage[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2016, 43(9): 1816-1824. DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0298 |
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| Authors: | LI Rong-hua WANG Zhi-liang CHEN Jing-fang XIA Yan-shi GUO Pei-guo ZHANG Hua Kadambot Siddique |
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| Affiliation: | （1International Crop Research Center for Stress Resistance，College of Life Sciences，Guangzhou University，Guangzhou 510006，China；2Guangzhou Academy of Agricultural Sciences，Guangzhou 510308，China；3The Institute of Agriculture，The University of Western Australia，WA 6009，Australia） |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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