| 基于高通量测序的北柴胡根转录组SSR位点信息分析 |
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| 引用本文： | 王彬彬,高妍夏,郭欣慰,纪宏亮,王敬,王晖.基于高通量测序的北柴胡根转录组SSR位点信息分析[J].西北农业学报,2024(4):707-717. |
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| 作者姓名： | 王彬彬 高妍夏 郭欣慰 纪宏亮 王敬 王晖 |
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| 作者单位： | 1. 河北省高校特产桑蚕应用技术研发中心;2. 承德医学院蚕业研究所;3. 中国医学科学院药用植物研究所 |
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| 基金项目： | 河北省自然科学基金(H2022406031)；;河北省高等学校科学技术研究项目(QN2021005)； |
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| 摘 要： | 以北柴胡根为试材，采用高通量转录组测序方法，获得uingene序列信息，研究分析SSR分布、基元特征，设计、验证EST-SSR引物的有效性，为开发、丰富EST-SSR分子标记奠定基础。结果表明：从北柴胡根转录组中共筛选到31 176个SSR位点，分布于21 732条unigenes,出现的频率为20.08%,分布密度为3.20个/10 kb,主要重复基元类型以二核苷酸最为丰富，共21 056个，占SSR位点总数的67.54%;其次是单核苷酸和三核苷酸，分别占总SSR的19.05%和12.07%;四核苷酸～六核苷酸重复基元数量均较少。不同核苷酸基序类型共有131种基元，重复基元次数在5～11次的数量最多，占SSR总数的91.7%,且长度基本小于15 bp,其中AT/AT和AC/GT这两种基元在二核苷酸中出现频率最高。2 064条和1 004条含有SSR位点的unigenes分别注释到GO和KEGG通路，获得注释的基因功能主要与基础代谢相关。从22 090对具有潜在多态性的EST-SSR引物中，随机挑选20对引物对3个北柴胡种质DNA进行PCR扩增，扩增成功率最高达85%。北柴胡根转录组S...
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| 关 键 词： | 北柴胡 根 转录组 SSR 位点信息 |
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