| 长牡蛎性腺中调控型非编码RNA的生物信息学 |
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| 引用本文： | 王雪,王卫军,骆启豪,孙国华,冯艳微,马敬俊,杨建敏.长牡蛎性腺中调控型非编码RNA的生物信息学[J].水产学报,2020,44(5):723-734. |
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| 作者姓名： | 王雪 王卫军 骆启豪 孙国华 冯艳微 马敬俊 杨建敏 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学,水产科学国家级实验教学示范中心,上海 201306;上海海洋大学,上海水产养殖工程技术研究中心,上海 201306;山东省海洋资源与环境研究院,山东烟台 264006;上海海洋大学,水产科学国家级实验教学示范中心,上海 201306;山东省海洋资源与环境研究院,山东烟台 264006;鲁东大学农学院,山东烟台 264025;鲁东大学农学院,山东烟台 264025;烟台市莱山区渔业海洋站,山东烟台 264003 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31402298)；山东省农业良种工程(2017LZGC009)；国家贝类产业技术体系专项(CARS-49) |
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| 摘 要： | 本研究以日照海域同一家系的2龄长牡蛎性腺为研究对象,通过small RNA-seq和RNA-seq技术筛选和鉴定出大量的非编码微小RNA(mi RNA)、长链非编码RNA(lnc RNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行了生物学特征分析。结果显示,以斑马鱼为参考序列,获得25～30个已知miRNA成熟体和51～63个已知miRNA前体,预测到53～71个新miRNA成熟体和53～77个新miRNA前体;长牡蛎miRNA长度分布为18～26个核苷酸(nt),其中分布在20～22 nt长度的miRNA数量最多,且miRNA首位碱基多为U。测序分析获得2 302～2 349个注释lncRNA转录本,预测到20 083～24 114个新lncRNA转录本,其中基因间型lncRNA(lincRNA)、内含子lncRNA(intronic lncRNA)、反义lncRNA(anti-sense lncRNA)分别占29.0%、62.1%和8.9%;长牡蛎lncRNA的基因组特征与其他真核生物的lncRNA基因组特征相似,与mRNA相比,外显子(exon)个数少,转录本长度较短,表达水平低。测序分析共获得383个circRNA,其中平均88.54%来源于exon,平均4.51%来源于intronic,平均6.95%来源于intergenic,且鉴定出内源性circRNA潜在大量的miRNA结合位点。研究结果为后续研究长牡蛎调控型ncRNA的表达规律和生物学功能奠定了基础。
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| 关 键 词： | 长牡蛎 非编码微小RNA 长链非编码RNA 环状RNA RNA-seq技术 |
| 收稿时间： | 2019/2/13 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2019/4/1 0:00:00 |
Bioinformatics analysis of regulatory non-coding RNA in gonad of Crassostrea gigas |
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| WANG Xue,WANG Weijun,LUO Qihao,SUN Guohu,FENG Yanwei,MA Jingjun and YANG Jianmin.Bioinformatics analysis of regulatory non-coding RNA in gonad of Crassostrea gigas[J].Journal of Fisheries of China,2020,44(5):723-734. |
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| Authors: | WANG Xue WANG Weijun LUO Qihao SUN Guohu FENG Yanwei MA Jingjun and YANG Jianmin |
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| Institution: | National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;Shanghai Engineering Research Center of Aquaculture, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;School of Agriculture, Ludong University, Yantai 264025, China,National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;School of Agriculture, Ludong University, Yantai 264025, China;Shandong Marine Resource and Environment Research Institute, Yantai 264006, China,National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;Shanghai Engineering Research Center of Aquaculture, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;School of Agriculture, Ludong University, Yantai 264025, China,Shandong Marine Resource and Environment Research Institute, Yantai 264006, China,Shandong Marine Resource and Environment Research Institute, Yantai 264006, China,Laishan Marine Fishery Station, Yantai 264003, China and National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;School of Agriculture, Ludong University, Yantai 264025, China;Shandong Marine Resource and Environment Research Institute, Yantai 264006, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Crassostrea gigas miRNA lncRNA circRNA RNA-seq |
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