| 日本医蛭唾液腺对饥饿胁迫响应的转录组比较 |
| |
| 作者姓名： | 邢月婷 管峰 李诗语 张世雄 罗媛媛 |
| |
| 作者单位： | 中国计量大学生命科学学院,浙江杭州 310018;浙江大学医学院,浙江杭州 310058;中国计量大学生命科学学院,浙江杭州 310018 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(31440030) |
| |
| 摘 要： | 为了探究饥饿胁迫对日本医蛭唾液腺基因表达水平的影响,本实验通过Illumina Hiseq 2500高通量测序平台分别对饥饿30 d处理组(D30)和饥饿0 d (D0)对照组的日本医蛭的唾液腺组织进行双端测序,对获得的原始数据进行质量控制及从头组装,获得145 981个unigenes,平均长度为675 bp,N50为1 127 bp。针对CDD、KOG、COG、NR、NT、PFAM、Swissprot、TrEMBL、GO和KEGG等数据库的序列比对分析,145 981个unigenes均能得到注释。通过引入TPM(transcripts per million)来估算基因表达水平,并通过DEGseq进行基因表达差异分析。以饥饿0 d为对照组,显著差异基因筛选条件设置为Q value<0.05且差异倍数|Fold Change|>2,获得2 650个差异基因,其中667个基因显著上调,1 983个基因显著下调。选取日本医蛭唾液腺4个重要功能基因进行荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,结果证明转录组测序分析可靠。将所有差异表达基因进行GO功能富集分析,显著富集到175条途...
|
| 关 键 词： | 日本医蛭 唾液腺 饥饿胁迫 转录组测序 从头组装 差异表达分析 |
| 收稿时间： | 2018-12-19 |
| 修稿时间： | 2019-10-13 |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《水产学报》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《水产学报》下载免费的PDF全文 |
|
