基于油楠(Sindora glabra)转录组测序的SSR分子标记的开发 |
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引用本文: | 何畅,杨锦昌,余纽,刘振湘,覃国铭,陈朝黎.基于油楠(Sindora glabra)转录组测序的SSR分子标记的开发[J].分子植物育种,2020(7):2280-2289. |
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作者姓名: | 何畅 杨锦昌 余纽 刘振湘 覃国铭 陈朝黎 |
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作者单位: | 中国林业科学研究院热带林业研究所 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(31570656)资助。 |
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摘 要: | 油楠(Sindora glabra)作为极具开发潜力的能源植物,在分子水平上的研究仅局限于ISSR分子标记。本研究利用Trinity软件对油楠转录组数据进行组装,共得到总长为48307806 bp的283998条Unigenes。利用MISA软件寻找到97443个含有SSR的重复基元。SSR位点中主要重复序列为单核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点的67.68%和22.56%,其次是三核苷酸,占8.54%。利用Primer 3.0设计引物,并从中随机选择200对引物进行PCR扩增,其中有13对扩增出清晰条带,多态性高,重复性好。油楠SSR分子标记的开发对于研究其遗传多样性、重要性状基因定位及分子标记辅助选择育种等起到重要的推动作用。
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关 键 词: | 油楠(Sindora glabra) 转录组 SSR 分子标记 |
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