| 高粱WRKY家族成员鉴定及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 赵兴奎,范昕琦,聂萌恩,王海燕,柳青山,段永红.高粱WRKY家族成员鉴定及生物信息学分析[J].分子植物育种,2020(13):4170-4181. |
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| 作者姓名： | 赵兴奎 范昕琦 聂萌恩 王海燕 柳青山 段永红 |
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| 作者单位： | 山西农业大学农学院;山西省农业科学院高粱研究所 |
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| 基金项目： | 山西省农业科学院博士研究基金项目(YBSJJ1607);山西省农业科学院育种工程项目(17yzgc030);山西省业科学院攻关项目(YYS1702);山西省重点研发计划重点项目(201703D211010);山西省自然科学基金项目(201701D120015)共同资助。 |
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| 摘 要： | WRKY转录因子是调控植物生长发育的重要转录因子,本研究利用高粱基因组数据库(v3.1.1),通过生物信息学分析鉴定出97个高粱WRKY基因家族成员,其CDS序列长度为423~4965 bp,编码氨基酸长度为141~1655 aa。染色体定位发现97个基因不均匀地分布于10条染色体上,其中3号染色体上数目最多,有23个WRKY基因,6号染色体最少,只有5个WRKY基因。根据WRKY保守结构域和锌指结构的特点对97个转录因子进行分类,可将它们分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ三大类,分别有11个、70个和16个成员。另外对WRKY蛋白保守基序分析发现WRKY结构域有3个保守基序组成,各组成员的保守基序基本一致。部分蛋白的WRKY保守域和锌指结构具有多样性,分析发现部分高粱WRKY蛋白的WRKYGQK结构域中‘Q’突变为‘E’、‘S’和‘K’。系统进化关系显示高粱Ⅱ、Ⅲ类WRKY转录因子类聚在Ⅰ的下级分支上,表示Ⅱ和Ⅲ类可能是由Ⅰ类进化而来的。
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| 关 键 词： | 高粱(Sorghum bicolor) WRKY转录因子 系统进化 生物信息学分析 |
Identification and Bioinformatics Analysis of WRKY Family in Sorghum |
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| Zhao Xingkui,Fan Xinqi,Nie Mengen,Wang Haiyan,Liu Qingshan,Duan Yonghong.Identification and Bioinformatics Analysis of WRKY Family in Sorghum[J].Molecular Plant Breeding,2020(13):4170-4181. |
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| Authors: | Zhao Xingkui Fan Xinqi Nie Mengen Wang Haiyan Liu Qingshan Duan Yonghong |
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| Institution: | (College of Agriculture,Shanxi Agricultural University,Taigu,030801;Shanxi Key Laboratory of Sorghum Genetic and Gemplasm Innovation,Sorghum Istitute of Shanxi Academy of Agricutural Sciences,Jinzhong,03060) |
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