| 大豆油脂储存蛋白的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 王巍杰,吴丹,王金朋. 大豆油脂储存蛋白的生物信息学分析[J]. 大豆科学, 2016, 0(2): 234-238. DOI: 10.11861/j.issn.1000-9841.2016.02.0234 |
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| 作者姓名： | 王巍杰 吴丹 王金朋 |
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| 作者单位： | 华北理工大学生命科学学院,河北唐山,063000 |
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| 摘 要： | 大豆种子含油量高低和油脂合成途径密切相关,油脂合成途径复杂,涉及诸多蛋白和酶,为此对大豆油脂储存蛋白进行生物信息学分析。大豆全基因组数据下载于JGI数据库,生物数据库查询结合Perl程序处理获取大豆油脂储存基因和蛋白,在大豆基因组中确定1 264个与油脂合成相关的基因,其中23个基因与油脂储存有密切的联系。利用Protparam、SOPMA、Prot Comp、Signal P软件对23个基因的蛋白序列、蛋白基本理化性质及二级结构、亚细胞定位、信号肽等进行生物信息学分析。结果表明:23个油脂储存基因不均匀分布在12条染色体上;23个蛋白序列氨基酸数目为165~1 012个;等电点为5.90~10.03;外显子数目为5~16个;二级结构预测显示无规则卷曲和α-螺旋为主要构成成分;蛋白亚细胞定位主要位于内质网、质膜和胞外。用MEGA6软件内置的Clustal W程序对大豆中油脂储存基因的蛋白序列进行比对分析,采用邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树,结果显示大豆油脂储存基因的亲缘关系和进化差异。
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| 关 键 词： | 大豆 油脂储存 生物信息 |
Bioinformatics Analysis of Storage Oil Protein in Soybean |
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| Keywords: | Soybean Storage oil Bioinformatics |
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