| 蒙药冷蒿转录组SSR信息分析 |
| |
| 引用本文： | 岳春江§,陈川川§,郭凤仙,李华,孙洪波,裴丹宁,马晓清,陈富欣,杨获莉,李琴,刘越. 蒙药冷蒿转录组SSR信息分析[J]. 中国农业科技导报, 2016, 18(6): 31-43. DOI: 10.13304/j.nykjdb.2016.132 |
| |
| 作者姓名： | 岳春江§ 陈川川§ 郭凤仙 李华 孙洪波 裴丹宁 马晓清 陈富欣 杨获莉 李琴 刘越 |
| |
| 作者单位： | 1.中央民族大学生命与环境科学学院, 北京 100081; 2.中国中医科学院中药资源研究中心, 北京 100700 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（30801554，81110108011，81274185）；教育部新世纪优秀人才支持计划项目（NCET-12-0578，NCET-13-0624）；2013年度人社部留学人员科技活动项目；高等学校学科创新引智计划项目（2008-B08044）；中央民族大学一流大学一流学科建设项目（2015MOTD16C）；中央高校基本科研业务费专项（2016SHXY04）;北京市大学生创新项目（GCCX2014110021）资助。 |
| |
| 摘 要： | 利用MISA(Micro SAtelite)软件对测序得到的蒙药冷蒿转录组序列143 700条跨叠群(contigs)进行简单重复序列(SSR)位点的挖掘,发现3 614条序列含有3 753个SSR位点,发生频率为2.51%,共有122种重复基元,平均每18.46 kb出现1个SSR位点。冷蒿转录组序列的SSR主要集中在三核苷酸重复(56.12%),其次是二核苷酸重复(31.60%)。AC/TG、AT/TA、CA/GT、AAT/TTA和AAC/TTG是二核苷酸、三核苷酸中的优势重复基元。冷蒿转录组SSR以5~12次重复为主,基序长度主要集中于12~36 bp。冷蒿转录组共注释43 415个contigs,其中578个SSRs位于编码区,主要以三核苷酸重复为主(397,68.69%)。从分子水平和生物信息学角度介绍了蒙药冷蒿转录组SSR信息的开发利用,其出现频率高、重复类型丰富,将为冷蒿的分子标记辅助育种、遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因挖掘提供了候选序列。
|
| 关 键 词： | 蒙药冷蒿 转录组 SSR信息分析 |
Data Mining of Simple Sequence Repeats in Transcriptome Sequences of Mongolia Medicinal Plant Artemisia frigida Willd |
| |
| YUE Chun-jiang§,CHEN Chuan-chuan§,GUO Feng-xian,LI Hua,SUN Hong-bo,PEI Dan-ning,MA Xiao-qing,CHEN Fu-xin,YANG Huo-li,LI Qin,LIU Yue. Data Mining of Simple Sequence Repeats in Transcriptome Sequences of Mongolia Medicinal Plant Artemisia frigida Willd[J]. Journal of Agricultural Science and Technology, 2016, 18(6): 31-43. DOI: 10.13304/j.nykjdb.2016.132 |
| |
| Authors: | YUE Chun-jiang§ CHEN Chuan-chuan§ GUO Feng-xian LI Hua SUN Hong-bo PEI Dan-ning MA Xiao-qing CHEN Fu-xin YANG Huo-li LI Qin LIU Yue |
| |
| Affiliation: | 1.College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China, Beijing 100081; 2.National Resource ;Center for Chinese Materia Medica, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《中国农业科技导报》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《中国农业科技导报》下载全文 |
|
