| 蒙药冷蒿转录组SSR信息分析 |
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| 引用本文： | 岳春江§,陈川川§,郭凤仙,李华,孙洪波,裴丹宁,马晓清,陈富欣,杨获莉,李琴,刘越.蒙药冷蒿转录组SSR信息分析[J].中国农业科技导报,2016,18(6):31-43. |
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| 作者姓名： | 岳春江§ 陈川川§ 郭凤仙 李华 孙洪波 裴丹宁 马晓清 陈富欣 杨获莉 李琴 刘越 |
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| 作者单位： | 1.中央民族大学生命与环境科学学院, 北京 100081; 2.中国中医科学院中药资源研究中心, 北京 100700 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（30801554，81110108011，81274185）；教育部新世纪优秀人才支持计划项目（NCET-12-0578，NCET-13-0624）；2013年度人社部留学人员科技活动项目；高等学校学科创新引智计划项目（2008-B08044）；中央民族大学一流大学一流学科建设项目（2015MOTD16C）；中央高校基本科研业务费专项（2016SHXY04）;北京市大学生创新项目（GCCX2014110021）资助。 |
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| 摘 要： | 利用MISA(Micro SAtelite)软件对测序得到的蒙药冷蒿转录组序列143 700条跨叠群(contigs)进行简单重复序列(SSR)位点的挖掘,发现3 614条序列含有3 753个SSR位点,发生频率为2.51%,共有122种重复基元,平均每18.46 kb出现1个SSR位点。冷蒿转录组序列的SSR主要集中在三核苷酸重复(56.12%),其次是二核苷酸重复(31.60%)。AC/TG、AT/TA、CA/GT、AAT/TTA和AAC/TTG是二核苷酸、三核苷酸中的优势重复基元。冷蒿转录组SSR以5~12次重复为主,基序长度主要集中于12~36 bp。冷蒿转录组共注释43 415个contigs,其中578个SSRs位于编码区,主要以三核苷酸重复为主(397,68.69%)。从分子水平和生物信息学角度介绍了蒙药冷蒿转录组SSR信息的开发利用,其出现频率高、重复类型丰富,将为冷蒿的分子标记辅助育种、遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因挖掘提供了候选序列。
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| 关 键 词： | 蒙药冷蒿 转录组 SSR信息分析 |
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