| 绒杜父鱼全基因组survey分析及微卫星分布特征 |
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| 引用本文： | 赵蕊蕊,徐胜勇.绒杜父鱼全基因组survey分析及微卫星分布特征[J].中国水产科学,2022,29(7):994-1001. |
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| 作者姓名： | 赵蕊蕊 徐胜勇 |
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| 作者单位： | 浙江海洋大学水产学院, 浙江 舟山 316022 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划项目(2017YFA0604902)； 舟山市科技局专项(2019C21027). |
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| 摘 要： | 绒杜父鱼(Hemitripterus villosus)为西北太平洋近海重要的经济鱼类, 近年来其渔业资源呈现过度开发及衰退的趋势。为评估绒杜父鱼基因组基本信息, 开发基因组范围内遗传标记, 以期为资源管理和保护工作提供参考, 本研究对绒杜父鱼开展全基因组 survey 分析, k-mer 分析表明绒杜父鱼基因组大小约为 713.18 Mb, 杂合率为 0.26%, 重复序列的比例为 38.61%。基因组初步组装结果显示, Contig N50 和 Scaffold N50 分别为 7433 bp、19388 bp。在整个基因组范围内, 总共检测到 583498 个微卫星位点, 相对丰度为 1010 个/Mb。其中二碱基重复比例最高(55.61%), 单碱基重复次之(33.39%)。在二、三碱基重复中主要是 AC/GT 和 AGG/CCT 类型, 微卫星重复拷贝数主要集中在 5~17 次。研究结果表明, 绒杜父鱼基因组为简单基因组, 可以用“Illumina+PacBio+Hi?C”的测序策略组装出高质量全基因组序列, 而经过筛选的微卫星位点也能为后续的遗传学研究提供有效的分子标记。本研究结果可以为绒杜父鱼进化生物学和遗传学研究提供基础资料。
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| 关 键 词： | 绒杜父鱼 高通量测序技术 全基因组 survey 微卫星标记 |
Whole-genome analysis and microsatellite distribution characteristics of Hemitripterus villosus |
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| ZHAO Ruirui,XU Shengyong.Whole-genome analysis and microsatellite distribution characteristics of Hemitripterus villosus[J].Journal of Fishery Sciences of China,2022,29(7):994-1001. |
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| Authors: | ZHAO Ruirui XU Shengyong |
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| Institution: | Fishery College, Zhejiang Ocean University, Zhoushan 316022 , China |
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| Keywords: | |
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