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| 水稻β-淀粉酶基因密码子使用特性分析 | |
| 引用本文： | 廖登群,张洪亮,李自超,Bennett John.水稻β-淀粉酶基因密码子使用特性分析[J].中国农业大学学报,2009,14(5). |
| 作者姓名： | 廖登群 张洪亮 李自超 Bennett John |
| 作者单位： | 1. 中国农业大学,农业部作物基因组学与遗传改良重点实验室/北京市作物遗传改良重点实验室,北京,100193;国际水稻研究所植物育种、遗传学与生物技术系,马尼拉DAPO Box,777 2. 中国农业大学,农业部作物基因组学与遗传改良重点实验室/北京市作物遗传改良重点实验室,北京,100193 3. 国际水稻研究所植物育种、遗传学与生物技术系,马尼拉DAPO Box,777;悉尼大学生物科学学院,悉尼NSW,2006 |
| 基金项目： | 2003 Themel budget of the Challenge Program for Waterand Food; 长江学者与创新团队计划; 高等学校学科创新引智计划(111-2-03) |
| 摘 要： | 本研究分析了水稻10个β-淀粉酶基因(OsBmy1～OsBmy10)在cDNA和蛋白质上的同源性,分析了每个基因反映密码子使用特性的参数——GC含量、同义密码子第1～3位置中的GC含量、有效密码子数和相对同义密码子使用度。结果表明:水稻β-淀粉酶家族基因序列间的同源性差异较大,在cDNA和蛋白质序列上的基因同源性分别为39.2～79.6和25.9～74.0,其中,OsBmy3和OsBmy9间的同源性最高;OsBmy3、OsBmy4、OsBmy5、OsBmy7、OsBmy9和OsBmy10等为高GC含量基因,并表现出极强的密码子使用偏好。可见,水稻β-淀粉酶基因在进化过程中不仅氨基酸组成发生了分化,而且其在氨基酸密码子使用偏好上也发生了分化。 |
| 关 键 词： | 水稻 β-淀粉酶 密码子使用偏好 进化 GC含量 |
Characterization of codon usage of rice β-amylase genes |
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| LIAO Deng-qun,ZHANG Hong-liang,LI Zi-chao,Bennett John.Characterization of codon usage of rice β-amylase genes[J].Journal of China Agricultural University,2009,14(5). | |
| Authors: | LIAO Deng-qun ZHANG Hong-liang LI Zi-chao Bennett John |
| Institution: | LIAO Deng-qun1,2,ZHANG Hong-liang1,LI Zi-chao1,Bennett John2,3(1.Key Laboratory of Crop Genomics & Genetic Improvement of Ministry of Agriculture/Beijing Key Laboratory of Crop Genetic Improvement,China Agricultural University,Beijing 100193,China,2.Plant Breeding,Genetics , Biotechnology Division,International Rice Research Institute,Manila,Philippines,3.School of Biological Sciences,University of Sydney,NSW 2006,Australia) |
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| Keywords: | |
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