国槐不同器官转录组分析及EST−SSR引物开发应用 |
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引用本文: | 郁洁, 徐立人, 庞新博, 等. 国槐不同器官转录组分析及EST−SSR引物开发应用[J]. 西南林业大学学报(自然科学), 2022, 42(4): 48–58.doi:10.11929/j.swfu.202105010 |
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作者姓名: | 郁洁 徐立人 庞新博 刘朝华 李泳潭 原阳晨 董研 |
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作者单位: | 1. 河北农业大学林学院,河北 保定 071000;2. 河北省林木种质资源与森林保护重点实验室,河北 保定 071000;3. 河北农业大学园林与旅游学院,河北 保定 071000;4. 河北省洪崖山国有林场,河北 保定 074200 |
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摘 要: | 以国槐品种“青云1号”的根、茎、叶3种不同器官为材料,利用高通量测序技术分别对其进行转录组测序,筛选其根、茎、叶差异表达基因,进行生物信息学分析及EST−SSR分析。通过转录组两两对比筛选得到的根 vs. 茎、根 vs. 叶及茎 vs. 叶差异基因数分别为51937、52711和7193条,进一步对其进行GO及KEGG富集分析。结果表明:差异基因显著富集于代谢过程、催化活性、糖酵解和糖质新生等功能。EST−SSR分析表明,国槐根、茎、叶的SSR序列长度均在10~80 bp间变化,主要以10~22 bp的短序列为主,且主要以单核苷酸重复为主,从30对有效性引物中筛选出9对多态性较高的引物,并构建了11个不同国槐无性系的指纹图谱。
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关 键 词: | 国槐 转录组 基因 EST−SSR 遗传多样性 |
收稿时间: | 2021-05-09 |
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