河南地区猪流行性腹泻病毒S基因和ORF3基因分子特征和遗传进化分析

为了分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)近年在河南省的流行情况,本研究于2014年1月至2015年12月收集河南省不同地区的200份PED疑似病料进行S基因和ORF3基因检测,通过RT-PCR扩增、克隆测序及序列分析,显示15株河南流行株S基因和ORF3基因的部分氨基酸和核苷酸不同于参考株,发生了变异。其中15个毒株的S基因和ORF3基因变化显示,PEDV河南毒株和其他参考株均可分为两个群,基于S基因扩增的15株则独立成群,与其他参考毒株亲缘较远;基于ORF3基因扩增的15个毒株与国内分离株、美国株及韩国株均有较近的亲缘关系;同时,对于S基因和ORF3基因在整个进化关系中,本试验中的15个河南株均相对独立成群,与经典毒株CV777及国内所使用的疫苗株,亲缘关系较远。结果表明,PEDV有变异和进化的趋势,应从当前流行毒株中选用有效的疫苗才能更好地控制本病的发生。