东方田鼠基因组及相关变异数据的测定分析

东方田鼠由于对日本血吸虫有特殊的抗感染性,在对其进行系列研究后提示这种抗感染性以及其他生物学特征是与它的基因组相关。本研究采取第二代基因组测序技术对东方田鼠进行基因组测序,经生物信息学分析获得了基因组数据概貌和单核苷酸多态性、插入缺失突变、结构变异等变异数据,其结果为:检测到94 708 732个SNP、17 069 380个INDEL、348 146个SV,同时与参考基因组进行了比较分析,发现位于外显子区段的SNP有1 860 429个,其中异意突变有723 244个,同义突变有403 555个;位于UTR3区段的SNP有602 912个,INDEL 133 488个,基因间隔区的SNP有45 691 044个,INDEL 7 706 141个,以上的测序数据为进一步挖掘基因功能以及基因与表型之间的关联和基于基因组选择的东方田鼠各类品系培育打下基础,此外这些数据还有助于阐明东方田鼠实验动物化的基因组机理,为野生动物实验动物化奠定理论框架。