| 几种经济植物UFGT基因的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 付海辉,辛培尧,许玉兰,刘岩,韦援教,董娇,曹有龙,周军. 几种经济植物UFGT基因的生物信息学分析[J]. 广西农业生物科学, 2011, 30(1): 92-102 |
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| 作者姓名： | 付海辉 辛培尧 许玉兰 刘岩 韦援教 董娇 曹有龙 周军 |
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| 作者单位： | 西南山地森林资源保育与利用省部共建教育部重点实验室,西南林业大学,昆明650224 |
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| 基金项目： | 西南林业大学科研启动基金项目,西南林业大学云南省重点学科森林培育学(XKZ200906),西南林业大学重点建设学科林木遗传育种(XKX200904)共同资助; 国家林业局西南地区生物多样性保育重点实验室开放基金项目(BC2010F08) |
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| 摘 要： | 本文根据在GenBank中已登录的葡萄、玉米、水稻、草莓、拟南芥和苹果等植物的类黄酮-3-O-葡萄糖基转移酶基因的核苷酸序列和氨基酸序列,应用生物信息学软件预测了其理化性质、疏水性/亲水性、导肽、跨膜结构、卷曲螺旋结构、二级结构、功能结构域及高级结构,并构建了类黄酮-3-O-葡萄糖基转移酶蛋白家族的系统进化树。结果表明这几种植物的UFGT基因核苷酸序列除葡萄存在2个外显子外,其它植物均存在1个外显子。含量最丰富的氨基酸是Leu、Ala、Gly、Val和Ser等,除葡萄、苹果UFGT属于不稳定类蛋白外,其余均属于稳定类蛋白。进一步研究分析表明,这几种植物UFGT蛋白存在明显的疏水区和亲水区、信号肽、跨膜结构以及卷曲螺旋。二级结构组成上比例相似,并且都由α-螺旋、延伸链和无规则卷曲所组成。它们都存在UDPGT、COG1819和MGT等保守域。除了拟南芥外,其它几种植物都能够通过同源建模建立UFGT蛋白的三维结构。进化分析表明,把它们的UFGT基因分成5个类群,其中3个大类群,另外陆地棉和野芭蕉的UFGT基因分别单独成一类。本工作将为深入研究该蛋白在植物花、果实和叶片等器官颜色变化中发挥的功能,开展生物大分子结构模拟以及药物设计提供抛砖引玉的作用。
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| 关 键 词： | UFGT 生物信息学 同源建模 进化树 |
Bioinformatics Analysis of UFGT Gene from Several Economic Plants |
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| Fu Haihui , Xin Peiyao Xu Yulan Liu Yan Wei Yuanjiao , Dong Jiao Cao Youlong , Zhou Jun Key Laboratory for Forest Resources Conservation , Use in the Southwest Mountains of China,Ministry of Education,Southwest Forestry University,Kunming, Center of Chinese Wolfberry Engineering , Technology,Ningxia Academy of Agriculture , Forestry Science,Yinchuan. Bioinformatics Analysis of UFGT Gene from Several Economic Plants[J]. Journal of Guangxi Agricultural and Biological Science, 2011, 30(1): 92-102 |
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| Authors: | Fu Haihui Xin Peiyao Xu Yulan Liu Yan Wei Yuanjiao Dong Jiao Cao Youlong Zhou Jun Key Laboratory for Forest Resources Conservation Use in the Southwest Mountains of China Ministry of Education Southwest Forestry University Kunming Center of Chinese Wolfberry Engineering Technology Ningxia Academy of Agriculture Forestry Science Yinchuan |
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| Affiliation: | Fu Haihui 1,2 Xin Peiyao 1 Xu Yulan 1 Liu Yan 1 Wei Yuanjiao 1,2 Dong Jiao 1 Cao Youlong 1,2* Zhou Jun 1* 1 Key Laboratory for Forest Resources Conservation and Use in the Southwest Mountains of China,Ministry of Education,Southwest Forestry University,Kunming,650224,2 Center of Chinese Wolfberry Engineering and Technology,Ningxia Academy of Agriculture and Forestry Science,Yinchuan,750002 |
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| Abstract: | In this paper, the nucleic acid sequences and amino acid sequences of flavonoid-3-O-glucosyltransferas from six species such as Vitis vinifera, Zea mays, Oryza sativa, Fragaria×ananassa, Arabidopsis thaliana and Malus domestica, were analyzed by bioinform |
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| Keywords: | UFGT Bioinformatics Homology modeling Plylogenetic tree |
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