| 基于全基因组关联分析挖掘野生大豆蛋白含量QTL |
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| 引用本文： | 高倩,冯燕,杨雅华,赵青松,雷雅坤,刘兵强,张孟臣,史晓蕾,杨春燕. 基于全基因组关联分析挖掘野生大豆蛋白含量QTL[J]. 华北农学报, 2021, 36(z1): 23-30. DOI: 10.7668/hbnxb.20192274 |
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| 作者姓名： | 高倩 冯燕 杨雅华 赵青松 雷雅坤 刘兵强 张孟臣 史晓蕾 杨春燕 |
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| 作者单位： | 河北省农林科学院 粮油作物研究所,国家大豆改良中心石家庄分中心,农业农村部黄淮海大豆生物学与遗传育种重点实验室,河北省作物遗传育种实验室,河北 石家庄 050035;河北省农林科学院,河北 石家庄 050035;河北省农林科学院 粮油作物研究所,国家大豆改良中心石家庄分中心,农业农村部黄淮海大豆生物学与遗传育种重点实验室,河北省作物遗传育种实验室,河北 石家庄 050035;河北省农林科学院 滨海农业研究所,河北 唐海 063202;河北省农林科学院 农业信息与经济研究所,河北 石家庄 050051 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金;河北省重点研发计划;河北省高层次人才资助项目;河北省农林科学院基本科研业务费项目;河北省农林科学院创新工程项目;国家大豆产业技术体系项目;河北省现代种业科技创新专项 |
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| 摘 要： | 为了充分挖掘野生大豆种质资源中的高蛋白基因及其连锁标记,以来自中国、韩国和日本,涵盖第4,5,6,7,8熟期组的508份野生大豆种质资源为材料,通过全基因组关联分析挖掘与野生大豆中高蛋白基因相关的SNP.参试材料蛋白含量数据从美国农业部种质资源信息网下载,为2a利用凯氏定氮法测定蛋白含量数据平均值,基因型数据从Soybase网站下载,利用Illumina公司大豆50K芯片(SoySNP50K BeadChip含有52041个SNP标记)检测获得.结果表明,参试材料蛋白含量呈正态分布,介于38.1％ ～56.9％,平均48.1％,标准差2.71％.遗传结构分析将参试材料划分为3组,分别包含271,111,126份材料.基于混合线性模型的关联分析,共检测到与蛋白含量相关的SNP位点74个,散布在19条染色体的60个单倍型区段内.显著性SNP位点LOD平均值为3.47,SNP位点BARC_1.01_Gm_01_54656209_A_G的LOD值最大,为5.18.根据显著性SNP位点富集程度,确定第11号染色体常染色质区15128832～15253199 bp、第12号染色体异染色质区26842687～27818244 bp的单倍型区段为本研究中的2个蛋白含量显著性相关区段,命名为HAP_11_1和HAP_12_1.HAP_11_1中,SNP位点BARC_1.01_Gm_11_15167305_G_A的LOD值最大,为3.80,可解释遗传变异为2.88％.HAP_12_1中,SNP位点BARC_1.01_Gm_12_27563620_C_T的LOD值最大,为4.12,可解释遗传变异为3.23％.为野生大豆高蛋白基因育种利用提供了检测标记,为野生大豆高蛋白基因克隆提供了线索.
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| 关 键 词： | 野生大豆 蛋白含量 关联分析 SNP 单倍型 |
Detecting QTL Underlying Wild Soybean Protein Content Through Genome Wide Association Study |
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| GAO Qian,FENG Yan,YANG Yahua,ZHAO Qingsong,LEI Yakun,LIU Bingqiang,ZHANG Mengchen,SHI Xiaolei,YANG Chunyan. Detecting QTL Underlying Wild Soybean Protein Content Through Genome Wide Association Study[J]. Acta Agriculturae Boreali-Sinica, 2021, 36(z1): 23-30. DOI: 10.7668/hbnxb.20192274 |
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| Authors: | GAO Qian FENG Yan YANG Yahua ZHAO Qingsong LEI Yakun LIU Bingqiang ZHANG Mengchen SHI Xiaolei YANG Chunyan |
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