| 基于RAD-seq简化基因组测序的西藏黄牛遗传多样性研究 |
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| 引用本文： | 邓兵,晋美旺杰,任增帮,次旦欧珠,达瓦罗布,杨锐,陈仕毅,邝良德.基于RAD-seq简化基因组测序的西藏黄牛遗传多样性研究[J].江苏农业科学,2021,49(16):153-157. |
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| 作者姓名： | 邓兵 晋美旺杰 任增帮 次旦欧珠 达瓦罗布 杨锐 陈仕毅 邝良德 |
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| 作者单位： | 西藏日喀则市畜牧技术推广服务中心,西藏日喀则857000;西藏日喀则市科技局,西藏日喀则857000;四川省畜牧科学研究院,四川成都610066;动物遗传育种四川省重点实验室,四川成都610066;四川农业大学动物遗传育种研究所,四川成都611130 |
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| 摘 要： | 为在基因组水平研究西藏黄牛的遗传多样性,并通过选择信号分析发掘重要种质特性基因,利用RAD-seq简化基因组测序鉴定拉萨黄牛、阿沛甲咂牛、日喀则驼峰牛和樟木黄牛的SNP标记,计算群体遗传结构和遗传进化,鉴定基因组受选择区域和受选择基因.结果表明,共鉴定出1355274个SNP标记.阿沛甲咂牛和樟木黄牛遗传多样性最为丰富,观察杂合度分别为0.1856、0.1644,核苷酸多样性分别为0.2022、0.2026,拉萨黄牛和日喀则驼峰牛的遗传多样性相对低些.近交系数最高的为阿沛甲咂牛,而日喀则驼峰牛的近交系数最低.拉萨黄牛与日喀则驼峰牛之间的遗传分化系数最高(0.0927),而樟木黄牛和阿沛甲咂牛之间的遗传分化系数最低(-0.0011).聚类分析结果表明,日喀则驼峰牛和阿沛甲咂牛之间的亲缘关系最近,而与樟木黄牛的亲缘关系最远.通过选择信号分析,在西藏黄牛群体中检测出22个基因组区域受到选择,包含96个受选择基因.GO富集分析表明,这些受选择基因显著富集在心血管系统发育、炎症反应、细胞间连接、染色质结合等生物学通路.本研究从基因组水平揭示西藏黄牛的种质特性,为进一步开展西藏黄牛种质资源保护及利用提供了重要理论依据.
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| 关 键 词： | 西藏黄牛 遗传多样性 简化基因组测序 |
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