萝卜ICE1密码子使用偏性分析

为了解萝卜ICE1密码子的使用特性,运用CUSP和Codon W软件程序分析萝卜ICE1密码子的使用偏好性,并与芜菁等10种植物ICE1、萝卜基因组样本及拟南芥等基因组密码子偏性进行比较。结果表明,萝卜ICE1密码子偏好以A/T结尾;根据RSCU值,确定萝卜ICE1高频密码子有12个;与萝卜基因组密码子相比,19个密码子的偏好性相同;与其他物种同源基因相比,密码子选择偏性存在差异;聚类分析中,基于ICE1编码序列的聚类结果比密码子使用偏性分析更能准确地反映物种间的亲缘关系;与其他物种基因组密码子使用频率比较发现,同科物种(拟南芥、甘蓝)差异较小,与水稻差异较大,预示着萝卜ICE1在异源表达时尚需进行适当的改造和优化。萝卜ICE1密码子偏性分析为萝卜ICE1的异源表达及分子遗传研究提供了一定的理论依据。