| 四球茶转录组SSR位点信息分析 |
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| 引用本文： | 黎瑞源,邢辉,申铁. 四球茶转录组SSR位点信息分析[J]. 安徽农业大学学报, 2017, 44(4): 558-562. DOI: 10.13610/j.cnki.1672-352x.20170811.001 |
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| 作者姓名： | 黎瑞源 邢辉 申铁 |
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| 作者单位： | 贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室,贵阳,550001;贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室,贵阳,550001;贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室,贵阳,550001 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金地区项目（31460233）和贵州师范大学博士基金（11904/0514027）共同资助。 |
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| 摘 要： | 对基于高通量测序拼接获得的99 741条四球茶嫩叶Unigenes进行了SSR(simple sequence repeats)位点分析,共揭示了23 732个SSR位点,分布于18 552条Unigenes中,SSR发生频率为23.79%;含有SSR位点的Unigenes的总长度为226 188 bp,SSR位点间的平均距离为1/2.07 kb,重复长度平均长度为9.53 bp。在四球茶转录组SSR中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占总SSRs的47.53%和25.92%;在181种重复基元类型中,优势重复基元分别是AG/CT、A/T、ACC/GGT,分别占总SSRs的41.38%、22.10%和6.49%,共占总SSRs的比例达69.97%。
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| 关 键 词： | 四球茶 转录组 SSR |
| 收稿时间： | 2016-10-22 |
Analysis of SSR information in Camellia tetracocca Zhang transcriptome |
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| LI Ruiyuan,XING Hui and SHEN Tie. Analysis of SSR information in Camellia tetracocca Zhang transcriptome[J]. Journal of Anhui Agricultural University, 2017, 44(4): 558-562. DOI: 10.13610/j.cnki.1672-352x.20170811.001 |
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| Authors: | LI Ruiyuan XING Hui SHEN Tie |
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| Affiliation: | Key Laboratory of Information and Computing Science Guizhou Province, Guizhou Normal University, Guiyang 550001,Key Laboratory of Information and Computing Science Guizhou Province, Guizhou Normal University, Guiyang 550001 and Key Laboratory of Information and Computing Science Guizhou Province, Guizhou Normal University, Guiyang 550001 |
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