| 两种拼接方法在瓯江彩鲤转录组研究中的适用性比较 |
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| 引用本文： | 陈晓雯,王军,岳武成,杜金星,王成辉. 两种拼接方法在瓯江彩鲤转录组研究中的适用性比较[J]. 上海海洋大学学报, 2017, 26(5): 666-673 |
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| 作者姓名： | 陈晓雯 王军 岳武成 杜金星 王成辉 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学 农业部淡水水产种质资源重点开放实验室, 上海 201306,上海海洋大学 农业部淡水水产种质资源重点开放实验室, 上海 201306,上海海洋大学 农业部淡水水产种质资源重点开放实验室, 上海 201306,上海海洋大学 农业部淡水水产种质资源重点开放实验室, 上海 201306,上海海洋大学 农业部淡水水产种质资源重点开放实验室, 上海 201306 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31372607）；上海市科委项目（15391900800） |
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| 摘 要： | 以瓯江彩鲤(Cyprinus carpio var.color)为研究对象,探讨了目前两种常用的转录组拼接方法在鲤的不同品种/品系转录组研究上的适用性。结果表明,在转录组拼接和注释方面,基于序列比对优先策略(Cufflinks软件)拼接的转录组序列平均长度为1 545 bp,注释77 601个转录本;基于从头拼接策略(Trinity软件)拼接的转录组序列平均长度为979 bp,注释转录本数为69 406个。在基因结构和选择性剪切预测方面,Cufflinks软件所拼接的转录组,每个基因平均含有3个转录本数目,而对于Trinity版本转录组,每个基因平均含有4个转录本(P0.001)。经比较发现Cufflinks版本转录组预测的基因结构较Trinity版本更加准确。因此,与从头拼接策略相比,序列比对优先策略所拼接的瓯江彩鲤转录本序列长度更长、注释的基因数目更多,且在基因结构和选择性剪切预测方面更为准确,适用于后续与功能基因表达相关的功能研究;相反,从头拼接策略拼接的转录组更易得到瓯江彩鲤的特异基因序列,对于后续需要利用瓯江彩鲤特异基因序列进行分子进化相关的研究非常重要。本文的研究结果为根据不同的实验目的合理地选用相应的转录组拼接方法提供了依据,也为其他鱼类转录组学研究提供了借鉴。
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| 关 键 词： | 转录组 瓯江彩鲤 拼接方法 序列比对优先 从头拼接 |
| 收稿时间： | 2017-03-07 |
| 修稿时间： | 2017-04-30 |
Comparison of two transcriptome assembly strategies on Oujiang color common carp (Cyprinus carpio var. color) |
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| CHEN Xiaowen,WANG Jun,YUE Wucheng,DU Jinxing and WANG Chenghui. Comparison of two transcriptome assembly strategies on Oujiang color common carp (Cyprinus carpio var. color)[J]. Journal of Shanghai Ocean University, 2017, 26(5): 666-673 |
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| Authors: | CHEN Xiaowen WANG Jun YUE Wucheng DU Jinxing WANG Chenghui |
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| Affiliation: | Key Laboratory of Freshwater Fishery Germplasm, Ministry of Agriculture, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China,Key Laboratory of Freshwater Fishery Germplasm, Ministry of Agriculture, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China,Key Laboratory of Freshwater Fishery Germplasm, Ministry of Agriculture, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China,Key Laboratory of Freshwater Fishery Germplasm, Ministry of Agriculture, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China and Key Laboratory of Freshwater Fishery Germplasm, Ministry of Agriculture, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China |
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