锦鲤疱疹病毒-CJ株ORF136基因的克隆及生物信息学分析

为了了解锦鲤疱疹病毒中国吉林株(KHV-CJ)ORF136蛋白的结构特征和进化关系,试验用锦鲤尾鳍原代细胞增殖KHV-CJ,提取DNA,经PCR扩增获得ORF136基因,将其克隆到p MD18-T载体中构建重组质粒,应用生物信息学方法初步分析KHV-CJ ORF136基因的结构和功能,并与Gen Bank上已公布的KHV进行比较。结果表明:ORF136有2个跨膜区;抗原表位预测显示,抗原性良好;结构预测显示,可能存在1个潜在的N-糖基化位点和19个潜在的O-糖基化位点;BLAST比对分析显示,KHV-CJ ORF136与KHV-U ORF136和KHV-I ORF136的亲缘关系最近,与KHV-GZ11ORF136的亲缘关系较近,与KHV-GZ10 ORF136、KHV-QY08 ORF136和KHV-J ORF136亲缘关系最远,KHV-CJ可能来源于欧美国家和以色列。说明ORF136基因可能具有较好的免疫原性。