| 米曲霉分泌组的预测及分析 |
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| 引用本文： | 任楠,李俊星,沈徐凯.米曲霉分泌组的预测及分析[J].安徽农业科学,2010(25):13622-13625. |
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| 作者姓名： | 任楠 李俊星 沈徐凯 |
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| 作者单位： | 华南理工大学生物科学与工程学院,广东广州,510006;华南理工大学生物科学与工程学院,广东广州,510006;华南理工大学生物科学与工程学院,广东广州,510006 |
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| 摘 要： | 利用信号肽分析软件SignalP3.0跨膜结构预测软件Phobius、TMHMMv2.0和THUMBUP,GPI锚定位点预测软件big-PIPredictor,亚细胞蛋白定位软件TargetP1.1,对米曲霉全基因组中的12063个氨基酸序列进行预测。在米曲霉中有1019个分泌蛋白,编码这些蛋白的ORF最小为330bp,最长为5651bp,平均为1370bp。利用LipoP1.0分析预测得到的分泌蛋白中,755个带有I型信号肽酶识别位点,25个带有Ⅱ型信号肽酶识别位点,酶切位点附近氨基酸比较保守。利用TatP1.0对1019个分泌蛋白进行分析,得到43个蛋白序列可能从Tat途径分泌,但是没有找到RR-motif。在1019个分泌蛋白中,497个有功能描述,主要包括各种酶类、能量产生与传递以及自身修复防卫等。
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| 关 键 词： | 米曲霉 信号肽 分泌蛋白 预测 |
Prediction and Analysis of Secretome in Aspergillus oryzae |
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| REN Nan et al.Prediction and Analysis of Secretome in Aspergillus oryzae[J].Journal of Anhui Agricultural Sciences,2010(25):13622-13625. |
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| Authors: | REN Nan |
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| Institution: | REN Nan et al (Biological Science , Engineering College,South China University of Technology,Guangzhou,Guangdong 510006) |
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| Abstract: | The whole genome sequence of filamental fungus Aspergillus oryzae had been completed and 12 063 ORFs were identified.Among them,1 019 proteins were secreted based on the combination of prediction algorithms SignalP 3.0,transmembrane domains prediction algorithms Phobius,TMHMM v2.0 and THUMBUP,potential GPI-anchor sites prediction algorithm big-PI predictor and subcellular protein location prediction algorithm TargetP v1.1.The minimum ORF length of the encoding sequences for 1 019 secreted proteins was 330 b... |
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| Keywords: | Aspergillus oryzae Signal peptide Secreted proteins Prediction |
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