一株猪圆环病毒3型的全基因序列测定及遗传进化分析

猪圆环病毒3型(PCV3)是一种与猪皮炎和肾病综合征、生殖功能衰竭和多系统炎症相关的新型猪圆环病毒。为了研究分析PCV3在四川本省的流行情况,本试验通过对实验室送检保存的50份病料进行PCV3阳性筛选、全基因扩增、送检测序,获得一株PCV3/CN/Sichuan/2019毒株,然后与挑选的18株参考毒株进行基因对比分析,得出该新毒株与国内河南毒株He NYS-2(2017)的遗传距离最近,Cap蛋白基因和全基因的同源性最高,分别达99.8%和100%;与国内8株参考毒株的全基因同源性为98.1%～98.8%,与国外9株参考毒株的全基因序列同源性为98.0%～98.6%;Cap蛋白基因序列同源性与国内外基本相同(99.1%～99.3%);进化树分析表明,该毒株与国内毒株进化距离最近,与国外毒株进化距离较远。本次发现的PCV3新毒株遗传进化稳定,没有出现明显变异,这将为四川省当前PCV3的分子流行病学研究提供一定的参考。