基于桑树转录组测序的SSR标记开发和引物筛选

以桑树品种抗青10号植株的幼叶和根部为材料进行高通量转录组测序,获得60 069条unigene序列,运用MISA软件从中搜索到10 268个SSR位点,并针对这些SSR位点建立了EST-SSR引物数据库。从EST-SSR引物数据库中随机挑选100对SSR引物对抗青10号植株叶片的基因组DNA进行PCR验证,有87对引物可以扩增出条带,其中58对引物扩增的片段大小与预期相同,26对引物扩增的片段大于预期片段,3对引物扩增的片段小于预期片段。100对引物涉及的SSR位点中,基序重复单元长度为3个核苷酸的占46%,为2个、4个、5个、6个核苷酸的分别占12%、10%、10%、22%。KEGG代谢通路分析100对引物所在unigene的功能主要涉及新陈代谢、甘油磷脂代谢、醚脂代谢等途径,扩增条带最多的引物SSR28所在的Unigene5642主要参与新陈代谢。实验结果证明了基于高通量桑树转录组测序数据开发SSR标记的可行性及高效性。