稗草EcHPPD基因的克隆及生物信息学分析 |
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作者姓名: | 韩进财 罗丁峰 柏浩东 李祖任 |
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作者单位: | 1. 湖南大学生物学院隆平分院;2. 杂草生物学及安全防控湖南省重点实验室,湖南人文科技学院 |
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摘 要: | 旨在克隆稗草对羟基苯基丙酮酸双氧化酶(HPPD)基因为探究其基因功能提供基础,从而更好地开发除稗剂。以稗草叶片为材料,用同源克隆和c DNA末端快速克隆(RACE)技术克隆Ec HPPD基因序列,用生物信息学软件分析其特征。Ec HPPD基因的编码序列全长1317 bp,其编码蛋白质由439个氨基酸组成,相对分子质量为46.659 k D,等电点为5.30。稗草与同处禾本科的Dichanthelium oligosanthes(OEL23409.1:8-249)的HPPD蛋白进化程度最为相近。Ec HPPD三级建模蛋白结构由两条链构成,有2个Fe2+结合位点,并能与吡唑特活性中心骨架通过氢键相互作用。Ec HPPD可能与HGO、HPT1、TAT3、AT5G36160、TAT7等11个蛋白产生互作。本研究报道了Ec HPPD基因序列并对其进行了生物信息学分析,为创制新的HPPD抑制剂提供理论依据。
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关 键 词: | 稗草 HPPD基因 基因克隆 生物信息学 蛋白互作 |
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