鸡堆型艾美尔球虫3-1E抗原表位的生物信息学预测 |
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引用本文: | 李广兴,丛培君,潘龙,马玲,冯俪,黄艺华,任玉东,黄小丹. 鸡堆型艾美尔球虫3-1E抗原表位的生物信息学预测[J]. 东北农业大学学报, 2015, 46(5) |
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作者姓名: | 李广兴 丛培君 潘龙 马玲 冯俪 黄艺华 任玉东 黄小丹 |
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作者单位: | 1. 东北农业大学动物医学学院,哈尔滨,150030 2. 东北农业大学电气与信息学院,哈尔滨,150030 |
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基金项目: | 黑龙江省自然科学基金项目,国家自然科学基金项目 |
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摘 要: | 应用生物信息学分析和预测鸡堆型艾美尔球虫3-1E蛋白二级结构和抗原表位,为确定和筛选优势表位,研制安全、高效表位疫苗奠定基础。以克隆获得的鸡堆型艾美尔球虫3-1E蛋白氨基酸一级结构为基础,采用DNAStar软件和生物信息学在线分析程序Prot Param、SOSUI、IEDB、SYFPEITHI等预测3-1E蛋白理化性质和二级结构,并分析其序列跨膜区、可溶性、亲水性、可及性、柔韧性参数以及抗原指数,预测B细胞表位和T细胞表位的可能区域。3-1E蛋白由170个氨基酸组成,分子式C818H1257N213O272S3,分子质量18.5234 ku,理论等电点为4.25,半衰期为10 h;无跨膜区均为膜外区,是一种可溶性蛋白。其二级结构中α螺旋占31.76%,β转角为12.35%。B细胞表位预测区域:44-49、65-67、86-87、111-116;分值较高的T细胞表位区域:52-60、94-102、97-105、154-162、157-165。运用生物信息学方法确定3-1E存在多个抗原表位,对进一步研究3-1E的抗原性和研发优势表位疫苗具有重要意义。
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关 键 词: | 鸡堆型艾美尔球虫 3-1E蛋白 抗原表位 生物信息学 |
Bioinformatics prediction on 3-1E antigen epitopes of Eimeria acervulina |
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Abstract: | |
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Keywords: | chicken Eimeria acervulina 3-1E protein antigen epitope bioinformatics |
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