永登七山羊全基因组选择信号检测分析

旨在检测永登七山羊群体基因组选择信号，挖掘永登七山羊有价值的种质特性基因。本研究以4个绵羊群体(永登七山羊、岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊)共40个个体为研究对象，利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing, SLAF-seq)技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(SNPs)。基于SNPs数据集，通过elgensoft软件进行主成分分析；运用Treemix软件分析基因流事件；利用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)进行全基因组选择性清除分析，取top 5%Fst和πratio的交集以确定基因组受选择区域，并对候选基因进行GO和KEGG富集分析。结果共得到1 658 596个群体SNPs;主成分分析(PCA)发现永登七山羊能够独立分群，基因流表明永登七山羊和兰州大尾羊存在较弱的基因交流。以永登七山羊为试验群体，岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊为参考群体进行选择清除分析，3个比较组的受选择区域分别检测出424、294、301个候选基因；GO和KEGG分析结果表明，候选基因分别显著富集在65、79、...