合川黑猪保种群遗传结构及选择信号分析

旨在研究合川黑猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系、近交系数、家系结构和选择信号，以期更好地保护和利用合川黑猪这一遗传资源。本研究利用猪50K SNP芯片，对合川黑猪保种群内所含的58头健康成年种猪进行SNP检测；计算群体的有效含量、多态信息含量、多态标记比例、期望杂合度、观测杂合度、有效等位基因数以及最小等位基因频率，分析保种群体的遗传多样性；利用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)矩阵和分析每个样本的连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),Gamatrix(V2)软件构建基因组关系G矩阵，分析合川黑猪保种群的亲缘关系；利用Mega X(V10.0)软件进行群体聚类分析，研究合川黑猪保种群的家系结构；运用Tajima’s D和iHS方法分析合川黑猪群体基因组上受选择的信号区域，挖掘潜在的候选基因。结果表明，合川黑猪保种群体的群体有效含量、平均多态信息含量、多态标记比例、平均有效等位基因数、最小等位基因频率分别为4.2、0.156、0.534、1.38、0.141,说明合川黑猪保种群体的遗传多样性较丰富；群体的平均期望杂合...