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| 长江刀鲚脑转录组多态性EST-SSRs的规模化开发与利用 | |
| 作者姓名： | 于爱清 施永海 徐嘉波 |
| 作者单位： | 上海市水产研究所上海市水产技术推广站 |
| 基金项目： | 上海市自然科学基金(19ZR1477900)；;上海市科技兴农重点攻关项目(沪农科攻字(2016)第6-2-2号)； |
| 摘 要： | 为加速长江刀鲚(Coilia nasus)分子标记辅助育种的研究进程，对养殖长江刀鲚雌、雄个体分别进行转录组测序，利用MISA软件挖掘长江刀鲚脑转录组Unigenes中的EST-SSRs,采用SSRMMD软件规模化开发多态性EST-SSRs,并对3个长江刀鲚养殖群体开展遗传多样性研究。结果表明：从雌性长江刀鲚脑转录组143 374条Unigenes中获得了95 905个EST-SSRs,从雄性脑转录组135 215条Unigenes中获得了88 774个EST-SSRs;雌、雄转录组EST-SSRs均以二核苷酸重复基序数量最多，其他核苷酸重复基序的数量均呈逐级减少的趋势；单核苷酸到三核苷酸重复基序的优势重复基序分别为A/T、AC/GT和AGG/CCT;从1 082个多态性EST-SSRs中随机选取20个位点设计基因特异性PCR扩增引物，并进行有效性和多态性验证，获得了18对多态性较好的EST-SSRs(多态率约为90%),用其评估长江刀鲚不同年份(2018、2019和2020年)养殖群体的遗传多样性，结果显示，2018、2019、2020养殖群体的平均观测杂合度(Ho |
| 关 键 词： | 长江刀鲚 转录组 微卫星 分子标记 |