草莓斑驳病毒分子变异及PCR检测技术研究

【目的】明确草莓斑驳病毒（Strawberry mottle virus，SMoV）的分子变异特点；探索利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV的方法。【方法】利用RT-PCR扩增SMoV 3′非编码区（non-coding region，NCR）和大外壳蛋白（large coat protein，LCP）基因特异片段，并对扩增产物进行克隆测序。利用生物信息学软件分析不同地区分离物变异特点及系统发育关系。参考测序结果，在SMoV基因组保守区设计引物，利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV。【结果】获得了SMoV中国分离物的NCR区和部分LCP 基因核酸序列，不同分离物部分LCP基因核酸序列同源性为76.8%～99.7%。系统进化分析显示不同分离物呈现轻微的地理相关性。3个波兰分离物，4个中国分离物中的3个，7个荷兰分离物中的4个分别聚集成一簇；2个德国分离物与其它分离物亲缘关系较远，形成一个独立的分支。建立了利用半嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV的技术体系，灵敏度高于常规PCR。【结论】SMoV不同分离物变异复杂，德国分离物可能是一个代表特殊株系的群体；基于定位基因组保守区引物，利用嵌套PCR和转录增强技术可有效检测SMoV。

Studies on Molecular Variations and PCR Detection of Strawberry Mottle Virus