| 油梨转录组SSR分子标记开发与种质资源亲缘关系分析 |
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| 引用本文： | 郭 俊,朱 婕,谢尚潜,张 叶,叶蓓蕾,郑丽燕,凌 鹏. 油梨转录组SSR分子标记开发与种质资源亲缘关系分析[J]. 园艺学报, 2020, 47(8): 1552-1564. DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0840 |
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| 作者姓名： | 郭 俊 朱 婕 谢尚潜 张 叶 叶蓓蕾 郑丽燕 凌 鹏 |
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| 作者单位： | 1海南大学热带特色林木花卉遗传与种质创新教育部重点实验室，海口 570228；2海南大学园艺学院，海口 570228；3海南大学林学院，海口 570228 |
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| 基金项目： | 海南省重点研发计划项目（S100007118001012） |
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| 摘 要： | 选取海南大学油梨种质资源圃的‘Fuerte’油梨花朵和小果进行转录组测序,获得18 010条序列,总长度为29 422 056 bp。利用MISA软件检索转录组测序数据,获得分布于4 687个序列中的6 312个SSR位点。经统计发现,SSR在所检测的序列中出现的频率为35.05%。分析SSR位点特征显示,所有类型的SSR平均长度为18.90 bp,SSR之间的平均距离为4.66 kb。‘Fuerte’油梨转录组中SSR序列以二核苷酸、三核苷酸重复类型为主,两者占SSR总数的87.15%。二、三、四核苷酸重复类型中优势基元分别为AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物13 398对。以32份油梨种质资源为研究对象,对随机挑选的100对SSR引物进行有效性验证,并用于对这些油梨种质进行亲缘关系分析。发现其中40对引物具良好多态性,共扩增出219条谱带,其中171条为多态性谱带。经计算,平均每对引物产生4.275个多态性片段。He和PIC均值分别为0.529和0.456。UPGMA聚类和PCA分析结果较一致,在系数设定为0.74时可将32...
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| 关 键 词： | 油梨 转录组 SSR 多态性引物 聚类分析 |
Development of SSR Molecular Markers Based on Transcriptome and Analysis of Genetic Relationship of Germplasm Resources in Avocado |
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| GUO Jun,ZHU Jie,XIE Shangqian,ZHANG Ye,YE Beilei,ZHENG Liyan,LING Peng. Development of SSR Molecular Markers Based on Transcriptome and Analysis of Genetic Relationship of Germplasm Resources in Avocado[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2020, 47(8): 1552-1564. DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2019-0840 |
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| Authors: | GUO Jun ZHU Jie XIE Shangqian ZHANG Ye YE Beilei ZHENG Liyan LING Peng |
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| Affiliation: | 1.Key Laboratory of Genetics and Germplasm Innovation of Tropical Special Forest Trees and Ornamental Plants（Hainan University），Ministry of Education，Haikou 570228，China；2College of Horticulture，Hainan University，Haikou 570228，China；3College of Forestry，Hainan University，Haikou 570228，China |
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| Abstract: | |
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