中国樱桃InDel标记开发及其在蔷薇科果树中通用性评价 |
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作者姓名: | 王 珏 王 燕 张 静 陈 涛 王 磊 陈 清 汤浩茹 王小蓉 |
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作者单位: | 1四川农业大学园艺学院,成都 611130;2四川农业大学果蔬研究所,成都 611130;3四川农业大学生命科学学院,雅安 625014 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(31672114,31801826);四川省青年科技创新研究团队项目(2019JDTD0010) |
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摘 要: | 对栽培和野生中国樱桃进行De novo基因组测序和比对,在全基因组范围内检测筛选出50 617个InDel位点,并挑选均匀分布的200个标记进行验证,其中,27个标记在中国樱桃种内表现出多态性。利用多态性标记,对不同来源的192份中国樱桃(168份栽培和24份野生)种质进行基因型分型,共检测到60个等位基因(Na),平均每个标记2.2个;基因多样性指数(Hs)为0.010 ~ 0.500,平均0.239;多态性信息含量(PIC)为0.010 ~ 0.375,平均0.198,表明中国樱桃遗传基础相对狭窄。根据聚类结果和地理分布将192份中国樱桃种质大致划分为5个群体。筛选出在蔷薇科李亚科樱属、李属、桃属、杏属、苹果亚科梨属、苹果属和蔷薇亚科草莓属、悬钩子属等重要果树共8个属156个个体中表现出较好通用性标记34个。物种与中国樱桃亲缘关系越近,InDel标记的多态性越高。
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关 键 词: | 中国樱桃 全基因组 InDel标记 蔷薇科果树 通用性 |
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