| 基于基因组和转录组数据的胡椒内参基因鉴定 |
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| 引用本文： | 胡丽松,吴思婷,段兴帅,岑怡,苏岳峰,范睿,伍宝朵,郝朝运. 基于基因组和转录组数据的胡椒内参基因鉴定[J]. 热带作物学报, 2020, 41(10): 2120-2129. DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2020.10.018 |
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| 作者姓名： | 胡丽松 吴思婷 段兴帅 岑怡 苏岳峰 范睿 伍宝朵 郝朝运 |
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| 作者单位： | 1.中国热带农业科学院香料饮料研究所,海南万宁 5715332.农业农村部香辛饮料作物遗传资源利用重点实验室,海南万宁 5715333.海南省热带香辛饮料作物遗传改良与品质调控重点实验室, 海南万宁 5715334.云南农业大学热带作物学院,云南普洱 665099 |
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| 基金项目： | 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(1630142019001);海南省自然科学基金创新研究团队项目(2019CXTD417) |
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| 摘 要： | 为系统筛选适合胡椒基因表达模式分析的内参基因,本研究基于胡椒全基因组和转录组数据,初步筛选出62个候选基因。以胡椒主根、芽尖、叶片、花穗、不同发育时期果实以及接种辣椒疫霉菌的主蔓为材料,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件系统分析候选基因在不同组织中的表达稳定性,结合目标基因的表达模式验证,鉴定稳定表达最优的内参基因为Myeloid leukemia factor 1 (Pn17.1212)。结果表明：该基因是分析胡椒果实发育、辣椒疫霉菌响应相关基因表达模式的理想内参。内参基因的选择不应仅限于持家基因,全基因组和转录组信息可提供更加全面的参考基因数据,内参基因的准确鉴定需综合转录组信息、基因表达稳定性、标记基因的表达模式验证等数据分析的结果,获得的理想内参基因可满足不同研究对表达稳定性的要求。
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| 关 键 词： | 胡椒 内参基因 表达稳定性 |
| 收稿时间： | 2020-08-10 |
The Identification of Internal Control Genes Based on Genome and Transcriptome Data in Black Pepper (Piper nigrum L.) |
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| HU Lisong,WU Siting,DUAN Xingshuai,CEN Yi,SU Yuefeng,FAN Rui,WU Baoduo,HAO Chaoyun. The Identification of Internal Control Genes Based on Genome and Transcriptome Data in Black Pepper (Piper nigrum L.)[J]. Chinese Journal of Tropical Crops, 2020, 41(10): 2120-2129. DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2020.10.018 |
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| Authors: | HU Lisong WU Siting DUAN Xingshuai CEN Yi SU Yuefeng FAN Rui WU Baoduo HAO Chaoyun |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | black pepper internal control gene the stability of expression |
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