刺葡萄DFR基因克隆及生物信息学分析 |
| |
作者姓名: | 赖呈纯 黄贤贵 甘煌灿 潘红 范丽华 |
| |
作者单位: | 福建省农业科学院农业工程技术研究所,福建 福州,350003 |
| |
基金项目: | 福建省科技计划项目---省属公益类科研院所基本科研专项(2014R1015-6),福建省自然科学基金项目(2016J01126) |
| |
摘 要: | 根据葡萄DFR基因CDS序列设计刺葡萄开放阅读框(ORF)特异引物,利用RT-PCR技术克隆获得其DFR基因序列,并通过生物信息学方法分析其生物学特性。结果表明,刺葡萄DFR基因ORF序列全长1 014bp,编码337个氨基酸,命名为Vitis davidii dihydroflavonol 4-reductase gene(VdDFR),GenBank登录号为KF915803。刺葡萄DFR蛋白预测分子量为37 593.2Da,理论等电点pI为5.81,是一个跨膜亲水蛋白,无典型信号肽,不属于分泌蛋白,并且亚细胞定位主要位于细胞质中(70%);二级结构以无规则卷曲为主(52.82%),是一种mixed类蛋白;该蛋白有潜在的7个糖基化位点和16个磷酸化位点,具有NAD(P)结合位点,有NAD依赖型的表异构酶/脱氢酶的N端结构域,属于NADB_Rossmann超家族成员。核苷酸序列分析表明,刺葡萄DFR基因与美丽葡萄、山葡萄和酿酒葡萄的同源性为99%,与圆叶葡萄同源性为98%,与显齿蛇葡萄同源性为94%,进化上比较保守,利用DFR基因编码区碱基序列所建立的系统关系树与真实的植物进化基本一致。
|
关 键 词: | 刺葡萄 二氢黄酮醇 4-还原酶 DFR 基因 克隆 生物信息学 |
本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录! |
|