| 拟穴青蟹miR-34靶基因预测及其生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 梁萌萌,张子平,贾锡伟,王艺磊.拟穴青蟹miR-34靶基因预测及其生物信息学分析[J].福建水产,2017,39(6):419-428. |
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| 作者姓名： | 梁萌萌 张子平 贾锡伟 王艺磊 |
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| 作者单位： | 1. 集美大学水产学院,福建 厦门,361021;2. 福建农林大学动物科学学院,福建 福州,350002 |
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| 摘 要： | MiR-34是一类在进化过程中高度保守的miRNA家族,参与机体的许多重要生命活动。本研究首先比较本实验室构建的拟穴青蟹miRNA数据库中的miR-34(spa-miR-34)和通过miRBase获得的多个物种的miR-34的序列特征,然后应用RNAhybrid和Segal Lab两种在线工具预测spa-miR-34的靶基因,用blast2go软件对这些靶基因进行功能注释和信号通路富集分析。结果表明,spa-miR-34可能的靶基因有66个,这些基因的功能主要包括氧化还原、磷酸化、钙离子跨膜运输、转录等生物学过程;信号通路主要富集于精氨酸和脯氨酸代谢、抗生素生物合成、苯丙素生物合成、糖酵解和糖异生等合成代谢通路中。spa-miR-34预测的靶基因所涉及的基因家族和通路亦包括CHH家族、ERK通路、细胞周期和UPP通路、SUMO通路。此外,spa-miR-34预测的靶基因还有蜕皮激素受体,推测spa-miR-34在生殖、蜕皮及氨基酸等物质代谢方面具有重要作用。本研究为进一步了解spa-miR-34在拟穴青蟹中的作用提供了重要参考资料。
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| 关 键 词： | miR-34 靶基因 生物信息学 拟穴青蟹 |
Prediction and bioinformatic analysis of miR-34 target genes in Scylla paramamosain |
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| LIANG Mengmeng,ZHANG Ziping,JIA Xiwei,WANG Yilei.Prediction and bioinformatic analysis of miR-34 target genes in Scylla paramamosain[J].Journal of Fujian Fisheries,2017,39(6):419-428. |
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| Authors: | LIANG Mengmeng ZHANG Ziping JIA Xiwei WANG Yilei |
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