| 红螯光壳螯虾响应长期水体盐度胁迫的基因和代谢通路 |
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| 引用本文： | 刘树彬,徐畅,贾永义,顾志敏,李二超. 红螯光壳螯虾响应长期水体盐度胁迫的基因和代谢通路[J]. 水产学报, 2022, 46(6): 917-930 |
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| 作者姓名： | 刘树彬 徐畅 贾永义 顾志敏 李二超 |
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| 作者单位： | 海南大学海洋学院,海南省水产种业工程研究中心,海南省热带水生生物技术重点实验室,海南 海口 570228;浙江省淡水水产研究所,浙江 湖州 313001 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划 (2018YFD0901305);海南大学科研启动经费 (KYQD(ZR)1924) |
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| 摘 要： | 为探究长期盐度胁迫条件下红螯光壳螯虾肠道基因表达和代谢通路的变化。实验采用Illumina Hiseq 2 500平台对0、5、10和15这4个盐度下养殖5周的红螯光壳螯虾的肠道组织进行了高通量测序。研究共获76 534个unigenes,通过与NR、NT、KO、Swissprot、PFAM、GO和KOG数据库进行比对,成功注释37 378个unigenes。通过引入FPKM(Fragments Per Kilo bases per Million fragments)来估算基因表达水平,基于NR和Pfam两个数据库的蛋白注释结果,448 362个unigenes在GO数据库得到注释。根据KO功能注释与Pathway的联系,9 483个unigenes在KEGG数据库被注释分类到34条通路途径。通过DEGseq进行基因表达差异分析,以盐度0为对照组,显著差异基因筛选条件设置为Q value<0.05且差异倍数|Fold Change|>2,盐度5、10和15组分别获得差异基因2 733、91和236个,其中盐度5组共有2 068个基因显著上调,665个基因显著下调。将所有差...
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| 关 键 词： | 红螯光壳螯虾 盐度胁迫 肠道 高通量测序 差异表达分析 |
| 收稿时间： | 2020-09-22 |
| 修稿时间： | 2021-03-17 |
Analysis of genes and metabolic pathways in response to long-term salinity stress in red crayfish (Cherax quadricarinatus) |
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| LIU Shubin,XU Chang,JIA Yongyi,GU Zhimin,LI Erchao. Analysis of genes and metabolic pathways in response to long-term salinity stress in red crayfish (Cherax quadricarinatus)[J]. Journal of Fisheries of China, 2022, 46(6): 917-930 |
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| Authors: | LIU Shubin XU Chang JIA Yongyi GU Zhimin LI Erchao |
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| Affiliation: | Key Laboratory of Tropical Hydrobiology and Biotechnology of Hainan Province, Hainan Aquaculture Breeding Engineering Research Center, College of Marine Sciences, Hainan University, Haikou 570228, China;Zhejiang Institute of Freshwater Fisheries, Huzhou 313001, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Cherax quadricarinatus hypersaline stress intestine high-throughput sequencing differential expression analysis |
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