菠菜转录组SSR位点分析及其分子标记的开发 |
| |
引用本文: | 潜宗伟,陈海丽,崔彦玲.菠菜转录组SSR位点分析及其分子标记的开发[J].农业生物技术学报,2016(11):1688-1697. |
| |
作者姓名: | 潜宗伟 陈海丽 崔彦玲 |
| |
作者单位: | 北京市农林科学院蔬菜研究中心/农业部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室/蔬菜种质改良北京市重点实验室,北京,100097 |
| |
基金项目: | 科技部科技支撑项目(No.2014BAD01B08)和北京市农林科学院科技创新能力建设专项(No.KJCX20140111) |
| |
摘 要: | 简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记具有多态性高、重复性好、共显性等特点,己广泛用于蔬菜作物遗传育种研究中.本研究利用MISA软件对菠菜(Spinacia oleracea)转录组SSR位点信息进行分析,开发适用于菠菜的SSR分子标记,并对不同菠菜材料的遗传多样性进行分析.结果显示,在获得的44 796条基因簇(Unigene)中检测出2 045个SSR位点,检测出2 045个SSR位点,分布在1 940条Unigene上,发生频率为4.33%,平均距离为19.81 kb.菠菜SSR中以单、三、四核苷酸重复为主,分别占总SSR的19%、65%和7%,重复长度主要为18~24 bp,占菠菜总SSR的93.55%,以重复次数6次和7次为主,分别占菠菜总SSR的31.42%和31.05%.菠菜转录组中单核苷酸重复类型为A/T,二核苷酸重复主要为GA/TC和AG/CT,三核苷酸重复主要以CAA/TTG、GTT/AAC、GAA/TTC、TGT/ACA和GAT/ATC为主.本研究共设计了2 199对SSR特异位点引物,随机挑选218对引物对9个不同类型的菠菜材料进行扩增检测,其中38对表现出多态性.利用UPGMA做图进行聚类分析,9份菠菜材料聚为3类.本研究通过对菠菜转录组SSR位点信息分析及其分子标记的开发,获得了多态性较为丰富的SSR位点,为菠菜遗传多样性的分析、遗传图谱的构建及分子标记辅助育种提供了基础资料.
|
关 键 词: | 菠菜 转录组 SSR 标记 |
本文献已被 万方数据 等数据库收录! |
|