| 鸡脚重性状的全基因组关联分析 |
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| 引用本文： | 陈则东,王文浩. 鸡脚重性状的全基因组关联分析[J]. 农业生物技术学报, 2016, 0(10): 1569-1577. DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2016.10.014 |
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| 作者姓名： | 陈则东 王文浩 |
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| 作者单位： | 1. 江苏农牧科技职业学院宠物科技学院,泰州,225300;2. 宜春学院生命科学与资源环境学院,宜春336000;扬州大学动物科学与技术学院,扬州225009 |
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| 基金项目： | 国家肉鸡产业技术体系(No.nycytx-42-G1-05) |
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| 摘 要： | 鸡(Gallus gallus)脚重性状为鸡产业中的重要经济性状.为了揭示鸡脚重性状的遗传基础,寻找可用于鸡脚改良的分子标记,本研究以核心群京海黄鸡为实验动物,测定其脚重,利用简化基因组测序技术在整个基因组范围内检测与脚重相关的SNPs.共检测到16个与脚重相关的SNPs位点,其中13个集中分布在4号染色体上72.8～77.9 Mb区域;2个SNP位点rs475641139和rs475548810达到5％ Bonferroni全基因组显著水平(P＜5.5E-07),其余位点达到全基因组潜在显著水平(P＜1.1E-05).筛选每个SNP周围1 Mb区域内的基因,共找到9个可能的候选基因,并使用基因本体论(Gene Ontology,GO)数据库对9个候选基因的细胞组分、分子功能和参与的生物学进程进行了分析.结果表明二氢蝶啶还原酶(dihydropteridine deductase,QDPR)基因、LIM域结合蛋白2(LIM domain-binding protein 2,LDB2)基因、类184B家族(family with sequence similarity 184 memberB,FAM184B)基因、复合信号免疫球蛋白J结合蛋白(recombination signal binding protein for immunoglobulin kappa J region,RBPJ)基因、纤维母细胞生长因子结合蛋白2(fibroblast growth factor-binding protein 2,FGFBP2)基因、富亮氨酸重复蛋白5(F-box and leucine-rich repeat protein 5,FBXL5)基因、胆囊收缩素受体A(cholecystokinin receptor type A,CCK1R)基因、肌动蛋白互作蛋白1 (WD repeat containing protein 1,WDR1)基因和类桶状蛋白4(tubby like protein 4,TULP4)9个基因和4号染色体72.8～77.9 Mb区域可能为影响鸡脚重性状的重要候选基因和潜在功能区域.本研究为鸡脚重性状的标记辅助选择提供了理论依据.
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| 关 键 词： | 简化基因组测序 脚重 全基因组关联分析 TASSEL模型 |
Genome-wide Association Study on Feet Weight in Chicken (Gallus gallus) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | SLAF-seq Feet weight Genome-wide association study TASSEL model |
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