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| 猪繁殖候选基因JERK2的电子克隆与生物信息学分析 | |
| 引用本文： | 方梅霞,周晓宁,沈栩,王亚军,聂庆华,张细权.猪繁殖候选基因JERK2的电子克隆与生物信息学分析[J].广东农业科学,2009(10):11-15,22. |
| 作者姓名： | 方梅霞 周晓宁 沈栩 王亚军 聂庆华 张细权 |
| 作者单位： | 1. 华南农业大学动物科学学院,广东,广州,510642;暨南大学医学院实验动物管理中心,广东,广州,510632 2. 华南农业大学动物科学学院,广东,广州,510642 3. 四川大学生命科学学院,四川,成都,610064 |
| 基金项目： | 农业部转基因生物新品种培育重大专项，2008年粤港关键领域重点突破项目 |
| 摘 要： | 利用生物信息学和比较基因组学方法对猪细胞外信号调节激酶2(Extracellular signal-regulated kinase 2.ERK2)基因的结构、表达和功能进行了分析,结果表明:(1)电子克隆获得的猪ERK2基因cDNA全长1 803 bp,包括1 080bp的编码区和200 bp 5'UTR、523 bp 3'UTR,编码合成359个氨基酸的多肽;(2)猪ERK2基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为94.6%、91.6%和91.3%,编码合成的猪ERK2与人、小鼠和大鼠之间的同源性也高达99.4%、98.9%和98.9%;(3)猪ERK2蛋白的相对分子质量为41 303.69 Da,不含信号肽,具有ATP结合位点、MAP激酶保守位点和丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性位点等结构域;(4)基于cDNA及EST数据库的检索显示,猪ERK2基因在卵巢、睾丸、肾上腺、眼、肺、淋巴、关节囊、副乳、未成熟的树突状细胞和脂肪细胞等组织和细胞中表达. |
| 关 键 词： | 猪 ERK2基因 电子克隆 生物信息学 |
Electronic cloning and bioinformatic analysis of a candidate gene(ERK2)for pig reproduction traits |
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| FANG Mei-xia,ZHOU Xiao-ning,SHEN Xu,WANG Ya-jun,NIE Qing-hua,ZHANG Xi-quan.Electronic cloning and bioinformatic analysis of a candidate gene(ERK2)for pig reproduction traits[J].Guangdong Agricultural Sciences,2009(10):11-15,22. | |
| Authors: | FANG Mei-xia ZHOU Xiao-ning SHEN Xu WANG Ya-jun NIE Qing-hua ZHANG Xi-quan |
| Institution: | FANG Mei-xia1,2,ZHOU Xiao-ning1,SHEN Xu1,WANG Ya-jun3,NIE Qing-hua1,ZHANG Xi-quan1(1.Department of Laboratory Animal Science,Medical College of Jinan University,Guangzhou 510632,China,2.College of Animal Science,South China Agricultural University,Guangzhou 510642,3.School of Life Sciences,Sichuan University,Chendu 610064,China) |
| Abstract: | The structure,expression and function of pig ERK2(pERK2) gene was predicted in this study with bioinformatics and comparative genomics methods.Results showed that:(1) the electronically cloned pig ERK2 cDNA was 1 803 bp long,and it contained 200 bp of 5'UTR,523 bp of 3'UTR as well as 1 080 bp of open reading frame(ORF) that encoded a 359 amino acid peptide.(2)The CDS identities of pig ERK2 were 94.6%,91.6% and 91.3% with that of human,mouse and rat,respectively.The translated pig ERK2 precursor had identiti... |
| Keywords: | pig ERK2 gene electronic cloning bioinformatics |
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