| 三疣梭子蟹生长相关 SNP 位点的鉴定 |
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| 引用本文： | 张德宁,吕建建,刘萍,冯艳艳,高保全,李健. 三疣梭子蟹生长相关 SNP 位点的鉴定[J]. 中国水产科学, 2015, 22(3): 393-401 |
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| 作者姓名： | 张德宁 吕建建 刘萍 冯艳艳 高保全 李健 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院黄海水产研究所;上海海洋大学水产与生命学院 |
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| 基金项目： | 国家863计划项目(2012AA10A409);农业科技成果转化资金项目(2013GB23260589);山东省自主创新专项(2013CX80202);国家自然科学基金项目(41306177);中国博士后科学基金特别资助项目(2014T70668) |
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| 摘 要： | 为了发掘三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)与生长相关的SNP,本研究基于三疣梭子蟹比较转录组学数据,筛选出生长相关候选基因片段19条,利用该基因序列设计引物进行PCR扩增,得到总长为17 387 bp的DNA片段;通过直接测序法发现74个SNP位点,分布频率为0.43/100 bp,其中转换突变的比例为80%,颠换突变的比例为20%,转换的比例远远大于颠换,符合"transition bias"原理。C/T(G/A)突变所占比例为60%,G/T(C/A)突变占20%,A/T突变占9.33%,G/C突变占10.67%,C/T(G/A)突变所占比例最大。内含子上突变发生的频率为1.34/100 bp,外显子上仅为0.17/100 bp,说明外显子上的碱基更加保守。通过飞行质谱法,在三疣梭子蟹生长性状分离群体中成功分型了10个SNP位点;通过卡方检验和多元方差分析的方法进行性状关联分析,发现3个SNP位点与生长性状显著相关(P0.05),并且comp58070-R31位点与生长性状极显著相关(P0.01);一般线性模型的多元方差分析显示,comp58070-R31位点与体重、全甲宽、甲宽3个性状极显著相关(P0.01),与体长、体高2个性状为显著相关(P0.05);comp46623-F49位点与甲宽显著相关(P=0.05);comp49193-R333位点与甲宽显著相关(P0.05)。通过对SNP位点的多态性分析发现,三疣梭子蟹SNP标记观测杂合度(Ho)范围为0.162 8~0.833 3,期望杂合度(He)范围为0.189 6~0.591 2,并且显示SNP标记的信息量低于微卫星标记。该研究的结果将有助于推进三疣梭子蟹分子标记辅助育种进程。
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| 关 键 词： | 三疣梭子蟹 生长性状 转录组 SNP 关联分析 |
| 修稿时间： | 2015-05-12 |
Identifying SNP markers correlated with growth of swimming crab (Portunus trituberculatus) based on a comparative transcriptome |
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| ZHANG Dening,LV Jianjian,LIU Ping,FENG Yanyan,GAO Baoquan,LI Jian. Identifying SNP markers correlated with growth of swimming crab (Portunus trituberculatus) based on a comparative transcriptome[J]. Journal of Fishery Sciences of China, 2015, 22(3): 393-401 |
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| Authors: | ZHANG Dening LV Jianjian LIU Ping FENG Yanyan GAO Baoquan LI Jian |
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| Affiliation: | ZHANG Dening;LV Jianjian;LIU Ping;FENG Yanyan;GAO Baoquan;LI Jian;Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences;College of Fisheries and Life Science, Shanghai Ocean University; |
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| Abstract: | |
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