猪TGF-β基因家族成员的鉴定、进化及表达分析

为了明确猪TGF-β基因家族的功能和进化关系，运用HMMER并结合BLAST对猪的TGF-β基因家族成员进行鉴定，运用多种生物信息学方法对序列进行分析，运用转录组数据分析TGF-β基因家族的组织表达规律，并对TGF-β基因家族进行功能富集分析。结果表明：猪TGF-β基因家族共有36个成员，编码蛋白质的氨基酸数量在153～719,相对分子质量在16.44～79.41 kDa,等电点在4.93～11.78,均为亲水性蛋白。二级结构以无规则卷曲为主，其次是α-螺旋。系统进化树分析表明TGF-β基因家族分为三大亚类，猪TGF-β基因家族成员与人和小鼠的TGF-β基因家族成员分别聚集，说明其进化关系较近。基因结构和结构域中同一类群的不同TGF-β基因家族成员具有较高的相似度。转录组数据显示大多数TGF-β基因家族成员在成年公猪和母猪27种不同组织和外周血单核细胞中均有表达，其中GDF1和TGFB2基因在成年猪所有组织中高表达。功能富集分析发现TGF-β基因家族参与众多的生物学过程和病理过程。研究结果为深入解析猪TGF-β基因家族的生物学功能奠定基础。