椰子保守microRNA 预测和特征分析

根据释放的椰子转录组序列和miRBase数据库中的microRNA（miRNA）序列信息，分析椰子中保守miRNA 及其相应靶基因的特征遥。根据miRBase数据库中植物miRNA序列，共预测了41个miRNA，分别属于22个miRNA家族。这些miRNA家族中13个家族在植物中非常保守，miRBase至少在19个物种中检测到，而miR902、miR2673和miR414这3个家族不保守，仅在1~2个物种中检测到。这些预测的miRNA的成熟序列长度大多为21个碱基（59.5%），而前体序列的长度大多为50~100个碱基（61.9%）。分析miR396家族前体序列时发现，成熟miRNA和成熟miRNA*（成熟miRNA形成发卡结构互补的序列）序列很保守，但是中间的序列变异很大。此外，预测miRNA的靶基因发现保守的miRNA家族的靶基因为一些重要的转录因子家族，与植物的生长发育相关，而不太保守的miRNA家族的靶基因编码与表型控制相关的蛋白。

Prediction and characterization of conserved microRNA in Cocos nucifera