水稻落粒性基因qSH1调控区关键SNP的HRM检测体系优化

高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)分析是一种新发展起的DNA多态性快速筛查分析技术,具有灵敏、准确和高效等突出优势。q SH1是控制水稻落粒性的主效基因,在该基因的上游12 kb的调节区存在一个SNP位点(命名为q SH1(G/T))调控其表达,从而引起不同品种间落粒性差异。为针对q SH1(G/T)位点建立一种HRM快速分型检测体系,本研究以难落粒的粳稻品种"日本晴"和易落粒的"R1128"为材料,研究了不同的PCR产物长度、DNA浓度、Mg2+浓度、退火温度及扩增模式对HRM分型效果的影响。结果表明:使用q SH1-1引物(产物长度68 bp)能获得平稳的熔解曲线和单一熔解峰;当DNA浓度在5 ng/μL以上、退火温度为60℃、Mg2+浓度为1.5 mmol/L时,HRM分型效果最佳;此外,选择降落PCR模式能取得较好的分型效果。研究结果可为后续该位点的基因分型及水稻落粒性分子遗传改良的研究奠定基础。

Optimization of High Resolution Melting Analysis System for the Regulatory Region Key SNP of Seed Shattering Gene-q SH 1 in Rice