莴苣线粒体基因组密码子使用偏好性分析

为了分析栽培莴苣Lactuca sativa‘Salinas’和野生莴苣Lactuca saligna的线粒体基因组密码子使用特征差异，对2种莴苣的线粒体基因组编码序列进行密码子使用偏好性研究，比较其密码子偏好性形成的影响因素和演化过程。结果表明：栽培莴苣和野生莴苣线粒体编码基因的总GC含量分别为43.43%和42.54%，富含A/T碱基。2种莴苣的有效密码子数（ENC）都在36.61～61.00，密码子偏好性较弱。中性绘图分析表明，2种莴苣线粒体编码基因的第1、2位和第3位碱基GC含量较为保守，选择是影响2种莴苣线粒体基因密码子使用偏好性的主要因素。PR2-plot分析表明，2种莴苣线粒体基因第3位碱基更偏好使用嘧啶碱基。ENC-plot分析结果显示，2种莴苣的线粒体基因密码子偏好性主要受到选择压力影响。对2种莴苣的相对同义密码子使用度（RSCU）分析表明，栽培莴苣和野生莴苣分别有28个和29个高频密码子，除亮氨酸外，2种莴苣的高频密码子均以A/U结尾。2种莴苣线粒体编码基因的密码子使用偏好性总体上较接近，但最优密码子存在较大差异。这种差异可能是因为2种莴苣的低表达基因库差异造成的，...