基于SLAF-seq简化基因组技术的疆岳驴遗传进化分析

畜禽资源是中国种业创新、打赢种业翻身仗的根基。疆岳驴是陕西关中驴（大型驴）和新疆驴（小型驴）经过半个多世纪杂交改良、横交固定、选育提高、培育而成的良种驴，旨在基因组水平上揭示疆岳驴的遗传进化，解析疆岳驴的遗传结构及遗传多样性。该研究利用SLAF-seq简化基因组测序鉴定疆岳驴SNP标记，构建125头样品群体进化树并进行分析。共鉴定SNP标记4 887 196个；通过MEGA 5软件neighbor-joining算法，构建的群体进化树显示，125头疆岳驴聚集为2个大的分支：一个分支46头聚集在一起，亲缘关系较近；另一分支79头聚集在一起，亲缘关系较近。这2个分支间亲缘关系较远。通过admixture软件、EIGENSOFT软件、SPAGeDi软件进一步佐证了125头疆岳驴可分为2个群体，利用SLAF-seq简化基因组测序能全面准确地揭示疆岳驴的遗传多样性和遗传结构，为疆岳驴的关联遗传学研究和重要性状QTL定位提供依据，为争取在第3次全国畜禽遗传资源普查申报新培育品种（配套系）和疆岳驴重要性状QTL定位奠定基础。