| 苹果EST中微卫星分析 |
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| 引用本文： | 张俊娥.苹果EST中微卫星分析[J].广西农业生物科学,2008,27(4):378-380. |
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| 作者姓名： | 张俊娥 |
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| 作者单位： | 江西师范大学,生命科学学院,江西,南昌330022 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(30370743); 江西师范大学博士启动资金(2441) |
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| 摘 要： | 利用MISA（microsatellite）软件分析了简单重复序列（simple sequence repeats，SSRs）在苹果EST中的分布频率与密度。结果表明，在263820条EST序列中，共获得160686条SSR序列，SSRs之间的距离约为0．79kb。其中，六碱基重复丰度最大，占57．2％，而单碱基、三碱基、二碱基、四碱基和五碱基重复丰度分别为14．5％，13．1％，10．1％，4．1％和1．0％。在单碱基、二碱基、三碱基和四碱基重复模体中，丰度最大的分别是A／T，AG，AAG和AAAG，而CG在编码区内丰度很低。用CAP3软件进行冗余分析表明，在这六种类型的重复模体中，冗余与非冗余的苹果EST之间没有显著差异，表明可从现有的ESTs数据中方便地获取有效的苹果微卫星标记。
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| 关 键 词： | EST 微卫星 SSR苹果 |
Analysis of microsatellites derived from apple ESTs |
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| ZHANG Jun-e.Analysis of microsatellites derived from apple ESTs[J].Journal of Guangxi Agricultural and Biological Science,2008,27(4):378-380. |
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| Authors: | ZHANG Jun-e |
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| Institution: | ZHANG Jun-e (College of Life Science, Jiangxi Normal University, Nanchang 330022, China) |
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| Abstract: | Simple sequence repeats(SSRs)of apple expressed sequence tags(EST)in public database were investigated by using computer program MISA(microsatellite).Up to 160 686 SSRs were found in 263 820 sequences and the average distance between SSRs was approximately 0.79 kb.Among them,hexanucleotide repeats(57.2 %)were the most abundance,while the monomeric,trimeric,dimeric,tetrameric and pentameric repeats were represented in decreasing proportions of 14.5 %,13.1 %,10.1 %,4.1 % and 1.0 %,respectively.The most abunda... |
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| Keywords: | EST microsatellites SSR apple |
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