| ABI313Oxl全自动测序仪规模化测序的影响因素研究 |
| |
| 引用本文： | 屈志鹏,王晓杰,徐亮胜,贾涛,康振生. ABI313Oxl全自动测序仪规模化测序的影响因素研究[J]. 西北农林科技大学学报(自然科学版), 2008, 36(1) |
| |
| 作者姓名： | 屈志鹏 王晓杰 徐亮胜 贾涛 康振生 |
| |
| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划(973计划) , 教育部长江学者和创新团队发展计划 , 教育部科技计划 , 国家自然科学基金 |
| |
| 摘 要： | [目的]提高利用ABI3130xl全自动测序仪对小麦与条锈菌互作的cDNA文库进行大规模测序的成功率,降低成本.[方法]将BigDye(BigDye(R) Tem1nator V3.1 Cycle Sequencing RR-100)分别稀释16,24和32倍设计测序的PCR反应体系,分析了EDTA溶液(125 mmol/L,pH 7.0)和醋酸钠溶液(3 mol/L,pH 5.2)以及不同模板类型等相关因素对测序结果的影响.[结果]BigDye稀释16倍的PCR反应体系的测序结果易出现染料峰,影响碱基正确读值;稀释32倍体系的测序结果中可用序列短,成功率低;稀释24倍体系测序结果的可用序列长且准确率高,为最佳反应体系.EDTA溶液和醋酸钠溶液可提高DNA纯化的质量,改善测序效果.以质粒DNA为模板测序较PCR产物直接测序效果好,通过控制模板质量可以提高测序成功率.[结论]利用优化体系共测得15 000条ESTs序列,其中有高读长序列13 080条,占87.2%,表明该优化体系简单有效,且可有效节约成本.
|
| 关 键 词： | ABI3130xl全自动测序仪 DNA测序 BigDye DNA模板 全自动 测序仪 规模化 影响因素研究 analyzer genetic automatic sequencing factors 节约成本 长序列 优化 模板质量 控制 直接测序 效果 改善 纯化 最佳 准确率 |
Analysis of several factors affecting large-scale sequencing using ABI3130xl automatic genetic analyzer |
| |
| QU Zhi-peng,WANG Xiao-jie,XU Liang-sheng,JIA Tao,KANG Zhen-sheng. Analysis of several factors affecting large-scale sequencing using ABI3130xl automatic genetic analyzer[J]. Journal of Northwest A&F University（Natural Science Edition）, 2008, 36(1) |
| |
| Authors: | QU Zhi-peng WANG Xiao-jie XU Liang-sheng JIA Tao KANG Zhen-sheng |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 万方数据 等数据库收录！ |
|
