一年蓬叶绿体基因组特征及系统进化分析

一年蓬（Erigeron annuus）作为一种入侵植物,对我国农林业发展、本地物种多样性及生态系统具有严重的影响。本研究利用Illumina NovaSeq 6000测定一年蓬的DNA序列,采用SPAdes v3.10.1软件组装一年蓬叶绿体基因组,以小蓬草（Erigeron canadensis, MT806101.1）叶绿体基因组为参考,对一年蓬叶绿体基因组结构、特征、SSR位点、IR边界以及进化树进行分析,结果表明：一年蓬叶绿体基因组全长为153 283 bp,AT、GC含量分别为62.95%、37.05%。包括大单拷贝区（LSC）84 833 bp,小单拷贝区（SSC）18 412 bp,反向重复区（IRa和IRb）25 019 bp,一年蓬叶绿体基因组共编码到132个基因,包括蛋白编码基因88个,转运RNA基因36个,核糖体RNA基因8个。按照功能分类将它们分成四大类：光合作用相关基因共45个、自我复制相关基因共73个、其他基因共6个、未知功能基因共8个。在一年蓬叶绿体基因组中共查找200个符合条件的SSR位点,分布在LSC、SSC、IR区域的SSR数量分别为126、40、...