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| 日本落叶松小RNA文库构建及其microRNA鉴定 | |
| 引用本文： | 吴涛,张俊红,韩素英,杨文华,李万峰,齐力旺.日本落叶松小RNA文库构建及其microRNA鉴定[J].林业科学研究,2012,25(6):677-684. |
| 作者姓名： | 吴涛 张俊红 韩素英 杨文华 李万峰 齐力旺 |
| 作者单位： | 1. 中国林业科学研究院林业研究所,细胞生物学实验室,北京100091;云南省林业科学院,云南省森林植物培育与开发利用重点实验室,云南昆明650201 2. 中国林业科学研究院林业研究所,细胞生物学实验室,北京100091 3. 中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所,北京,100091 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金重点项目，国家"973"项目，国家"863"计划重点项目 |
| 摘 要： | 以2年生日本落叶松实生苗为材料构建其小RNA文库,对283个克隆进行PCR验证后测序,通过生物信息学分析鉴定文库中的microRNA并进行qRT-PCR验证。结果表明:(1)小RNA文库的体积为50 mL,总库容量为5.25×106cfu,重组率为92.6%,插入片段长度约65 bp,与小RNA连接片段长度吻合。(2)去除rRNA(86个)、tRNA(14个)等非目的序列后,获得日本落叶松28个保守miRNAs,属于17个miRNA家族;其中,15个miRNAs(miR159c、miR160a、miR162a、miR164b、miR165a、miR166a、miR166a*、miR166b*、miR169a、miR169b、miR171a、miR171b、miR172a、miR319b、miR396a)的序列与其它植物完全一致,其余13个miRNAs(miR156a、miR159a、miR159b、miR164a、miR166b、miR168a、miR169b*、miR319a、miR396b、miR408、miR482a、miR2111、miR3701)则高度相似。(3)测序结果与本室落叶松转录组数据进行序列比对,新发现4个miRNAs(lle-miR1、lle-miR2、lle-miR3、lle-miR4)及其前体。(4)qRT-PCR验证表明,miR159a、miR159b等16个保守的和lle-miR1 lle-miR4等共20个miRNAs存在于日本落叶松中。(5)通过靶基因预测及UniProt数据库分析发现,32个miRNAs中有24个对应69个靶基因,其功能主要为转录因子、信号转导、胁迫抗性和代谢相关酶及未知功能蛋白。 |
| 关 键 词： | 日本落叶松 小RNA 文库 miRNA 转录组 |
| 收稿时间： | 2012/3/26 0:00:00 |
Construction of Small RNA Library and Characterization of MiRNAs in Larix kaempferi |
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| WU Tao,ZHANG Jun-hong,HAN Su-ying,YANG Wen-hu,LI Wan-feng and QI Li-wang.Construction of Small RNA Library and Characterization of MiRNAs in Larix kaempferi[J].Forest Research,2012,25(6):677-684. | |
| Authors: | WU Tao ZHANG Jun-hong HAN Su-ying YANG Wen-hu LI Wan-feng and QI Li-wang |
| Institution: | Laboratory of Cell Biology, Research Institute of Forestry, Chinese Academy of Forestry, Beijing 100091, China;Yunnan Key Laboratory for Forest Plant Cultivation and Utilization, Yunnan Academy of Forestry, Kunming 650201, Yunnan, China;Laboratory of Cell Biology, Research Institute of Forestry, Chinese Academy of Forestry, Beijing 100091, China;Research Institute of Forest Ecology, Environment and Protection, Chinese Academy of Forestry, Beijing 100091, China;Laboratory of Cell Biology, Research Institute of Forestry, Chinese Academy of Forestry, Beijing 100091, China;Laboratory of Cell Biology, Research Institute of Forestry, Chinese Academy of Forestry, Beijing 100091, China;Laboratory of Cell Biology, Research Institute of Forestry, Chinese Academy of Forestry, Beijing 100091, China |
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| Keywords: | |
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