| 基于银杏花芽3个分化时期转录组测序的相关基因筛选与表达分析 |
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| 引用本文： | 何崇单,蔡雨蒙,李萌,董金金,刘伟,王俊燚,王义强. 基于银杏花芽3个分化时期转录组测序的相关基因筛选与表达分析[J]. 园艺学报, 2018, 45(8): 1479-1490. DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0023 |
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| 作者姓名： | 何崇单 蔡雨蒙 李萌 董金金 刘伟 王俊燚 王义强 |
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| 作者单位： | 1中南林业科技大学林业生物技术湖南省重点实验室，长沙 410004；2中南林业科技大学经济林培育与保护教育部重点实验室，长沙 410004 |
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| 摘 要： | 鉴定银杏花芽分化调控的关键基因，揭示银杏花芽分化调控的主要分子机制，为缩短银杏童期和选育银杏早花品种提供理论指导。本研究中采用高通量测序技术对银杏花芽分化3个时期（花芽未分化期、花芽分化始期、花芽分化盛期）的样品进行转录组测序，并分析数字表达谱，筛选开花调控相关基因并进行荧光定量PCR（RT-qPCR）表达验证。转录组测序共产生27.52 Gb原始数据，注释到8大功能数据库（GO、COG、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG）上的 unigene 总数为35 179个。通过GO分类和KEGG Pathway 富集性分析，将unigene分别归于55个GO类别和126个代谢途径。差异表达基因分析显示，花芽未分化期较花芽分化始期有2 253个基因上调，2 032个基因下调；花芽分化始期较花芽分化盛期有1 770个基因上调，1 901个基因下调；花芽未分化期较花芽分化盛期有1 865 个基因上调，2 042个基因下调。发掘出大量的开花相关的基因涉及5个开花调控途径（光周期途径、春化途径、赤霉素途径、自主途径和年龄途径）。筛选出gene.Gb_17618（GI序列）、gene.Gb_19790（FT/TFL1序列）、gene.Gb_16301（AG序列）、gene.Gb_28337（花发育MADS-box序列）、gene.Gb_01884（SOC1序列）和gene.Gb_41704（CO序列）等6个银杏花芽分化差异表达关键基因序列，荧光定量PCR检测表达水平与转录组结果一致。
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| 关 键 词： | 银杏 转录组测序 开花调控 GI FT/TFL1 SOC1 |
Screening and Expression Analysis of Related Genes Based on Transcriptome Sequencing of Ginkgo Flower Buds at Three Differentiation Stages |
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| HE Chongdan,,CAI Yumeng,LI Meng,,DONG Jinjin,LIU Wei,WANG Junyi,WANG Yiqiang,,. Screening and Expression Analysis of Related Genes Based on Transcriptome Sequencing of Ginkgo Flower Buds at Three Differentiation Stages[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2018, 45(8): 1479-1490. DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0023 |
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| Authors: | HE Chongdan CAI Yumeng LI Meng DONG Jinjin LIU Wei WANG Junyi WANG Yiqiang |
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| Affiliation: | 1.Hunan Provincial Key Laboratory for Forestry Biotechnology，Central South University of Forestry and Technology，Changsha 410004，China；2Key Lab of Non-wood Forest Nurturing and Protection of National Ministry of Education Biotechnology Laboratory，Central South University of Forestry and Technology，Changsha 410004，China |
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